鄭芝龍原先是海盜，受明政府招撫後，在崇禎年間曾奉命鎮壓福建、江西、廣東的“山寇”和“海寇”，由參將逐步升到總兵官。弘光時加封南安伯。他的接受招安，既為明王朝效力，使東南沿海地區相對穩定；主要意圖卻是借用朝廷命官身份，掃除海上異己勢力，壟斷福建、廣東等地的對外貿易。到明朝覆亡的時候，他在福建已經擁有左右地方軍事和經濟的實力。1645年六月，他的弟弟鄭鴻逵擁立唐王朱聿鍵，在福州建立隆武政權，自然是得到他的同意的。然而，這種結合卻難免貌合神離。朱聿鍵以恢複明室為己任，具體目標是首先恢複以南京為中心的江南（他稱之為“半功”），進而收複北方（他稱之為“全功”）。鄭芝龍的用心卻大異其趣，他以迎立隆武作為定策勳臣第一，借隆武朝廷的名義鞏固自己在福建等地區唯我獨尊的地位，帶有很大的割據色彩。這樣，隆武朝廷從建立開始，就處於一種微妙的狀態之中。朱聿鍵得到了除魯監國據守的浙江東部地區以外南方各省的支持，至少在名義上他是公認的南明第二個正統朝廷。然而，他的政權是依靠鄭氏兄弟的支持才得以建立，又處於鄭芝龍集團實力控製下的福建，一切作為都必然要受到鄭芝龍的挾製。朱聿鍵即位以後，大政方針基本上是正確的，他為抵製和擺脫鄭氏家族的控製也做了相當大的努力。隆武朝廷建立不久，朱聿鍵和鄭芝龍、鄭鴻逵之間的蜜月很快就結束了，隨之而來的是一係列控製與反控製的鬥爭。
朱聿鍵為了提高朝廷的威望，特別注意網羅人才，以禮敦聘各地名聲較高的官員入朝任職，延請入閣的大學士名額超過了明代任何時期。鄭芝龍卻憑借實力根本不把這些文官看在眼裏。朝廷建立不久，就發生了朝班事件。鄭芝龍自以為帝由己立，朝見時自然應當排於文武諸臣的前麵，首席大學士黃道周卻以祖製勳臣從來沒有位居班首的先例為理由，堅持不讓。在隆武帝親自幹預下，黃道周贏得了表麵上的勝利。接著在一次朝見群臣的時候，鄭芝龍、鄭鴻逵當著皇帝的麵揮扇去暑，戶部尚書何楷上疏劾奏他倆“無人臣禮”；隆武帝嘉獎何楷敢於直言，立即給他加了左僉都禦史的官銜。鄭氏兄弟懷恨在心，處處加以刁難，何楷被迫請求致仕回籍，隆武帝違心地同意他暫時回鄉養病。鄭芝龍仍不肯罷休，派部將楊耿在半路上割掉何楷的一隻耳朵，借以向朝廷示威。[23]