1646年（清順治三年、明隆武二年、魯監國元年）二月十九日，清廷命多羅貝勒博洛為征南大將軍，同固山額真圖賴領兵南下，進攻浙江、福建[32]。博洛帶領的滿洲八旗兵到達南京後，原平南大將軍貝勒勒克德渾把東南軍務做了交代，就帶領本部兵馬回北京休息[33]。博洛調集了江南一批明朝降兵降將，積極準備進軍事宜。據洪承疇報告，“今欽命行征南大將軍貝勒督兵赴浙閩征剿，職會發提督曹存性、總兵李應宗、於永綬、張應夢、賀胤昌、範紹祖、王之綱、蘇見樂、馮用等共官兵七千餘名”[34]隨征。實際上跟隨博洛進攻浙東、福建的漢族軍隊遠不止此，例如吳淞總兵李成棟部五千兵馬後來也被抽調南下，總數至少在一萬名以上。
五月十五日，博洛統率的軍隊經蘇州進抵杭州。這年夏季浙江久旱不雨，錢塘江水涸流細。清軍見有人在江中洗澡，水深不過馬腹，於是，在五月二十五日分兵兩路，一路由主力馬步兵組成，從杭州六和塔、富陽、嚴州一線涉水過江大舉進攻；另一路由水師組成，從鱉子門沿海而進，二十九日東西會合，全線出擊。方國安等部署的錢塘江防線頓時瓦解，各部明軍損兵折將，紛紛逃竄。五月二十九日晚上，魯監國在張名振等護衛下離開紹興，經台州乘船逃往海上。[35]次日早晨，博洛過錢塘江，親自指揮追擊[36]。六月初一日，清軍占領紹興[37]。朱以海出逃時，派靖夷將軍毛有倫保護宮眷、世子退往台州，毛有倫卻改道蛟關以便入海，途中被叛將張國柱截獲，送往杭州[38]。魯監國所封越國公方國安帶領馬兵五百名、步兵七千名不戰而降，先後跟隨降清的還有新建伯王業泰、內閣大學士方逢年、謝三賓、宋之普、吏部尚書商周祚、兵部尚書邵輔忠、刑部尚書蘇壯，依附於方國安的弘光朝兵部尚書阮大铖、太仆寺卿薑一洪等，武將有總兵陳學貫等十八人，副將以下不計其數。[39]興國公王之仁見大勢已去，流淚說道：“壞天下事者，方國安也。敵兵數萬屯北岸，倏然而渡。孤軍何以迎敵，唯一死而已。”他率領部分兵員乘船數百艘，攜帶大批輜重由蛟門航海到舟山，打算同隆武帝所封的肅虜伯黃斌卿會師共舉。“斌卿偽許之，且曰：頃張國柱犯魯宮眷，不義，請合聲其罪。乃甫出洋，忽炮反攻之仁，盡有其舟。”王之仁對黃斌卿的背信棄義痛恨不已，把家屬九十三人的乘舟鑿沉，全部溺海而死，魯監國頒發的敕印也投進大海，自己留下一條大船。豎立旗幟，鼓吹張蓋，直駛吳淞江口。當地清兵以為他是前來投降的明朝高官，在六月二十八日送到鬆江府，吳淞總兵李成棟不敢怠慢，立即轉送南京[40]。王之仁見到招撫江南大學士洪承疇時，慷慨陳詞，說自己是“前朝大帥，國亡當死，恐葬於鯨鯢，身死不明，後世青史無所征信，故來投見，欲死於明處耳！”洪承疇開初還希望他回心轉意，以禮相待，婉言勸他剃發投降。王之仁斷然拒絕，大罵洪承疇“反麵事仇，先帝贈若官，立廟祠若、祭若，蔭若子；若背義亡恩，操戈入室，平夷我陵寢，焚毀我宗廟，若通天之罪，過李陵、衛律遠矣”[41]。洪承疇羞愧滿麵，無地自容，下令將他殺害。