順治三年三月二十四日，金聲桓等部攻克吉安。隨即由江西提督金聲桓部、支援總兵柯永盛部合兵向贛南推進。明督師萬元吉計劃在皂口據險扼守，然而兵無固誌，紛紛南逃。六月初八日，清軍前鋒即抵贛州城下。由於贛南地區東連福建、西接湖南，又是廣東的屏障，戰略地位非常重要，隆武朝廷為挽救危局，除令原江西巡撫李永茂（時丁憂告去）、新任巡撫劉廣胤（後來改名劉遠生）、江西總督萬元吉等加強守禦外，武英殿大學士楊廷麟原已奉詔入福建，也命他留在贛州“專辦江楚事”[55]；並命各地出軍火速增援。先後到達贛州地區的有禦史陳藎[56]從雲南召募來的滇將趙印選、胡一青部三千精兵；兩廣總督丁魁楚派的童以振、陳課部四千人；大學士蘇觀生遣發的廣東兵三千人；湖廣總督何騰蛟發總兵曹誌建領兵二千名，加上原江西贛州守將吳之蕃、張國祚部和楊廷麟等從雩都調來的受撫閻羅總四營頭張安等部，至八月間聚集贛州（隆武帝賜名忠誠府）城內外的明軍兵馬不下四萬。這些從各地抽調來的援軍本來就缺乏同心同德精神，利在速戰。督師萬元吉卻不趁諸軍初至，銳氣方張之時同清軍決一雌雄，而以動出萬全為由，要等待廣東吏部主事龔棻、兵部主事黎遂球招撫的“海寇”羅明受[57]統率的水師來到，以便水陸並舉，力創清軍。八月二十三日，清軍乘羅軍不備，夜間在章江上偷襲水師，巨舟八十餘艘全被焚毀，船中所載火攻器械付之一炬，羅明受帶領殘兵逃回廣東。次日早晨敗訊傳來，萬元吉、龔棻、黎遂球等撫膺慟悼，追悔莫及。清軍趁勢於八月二十八日衝破廣營，二十九日擊敗滇軍，其他各路援軍見勢不妙，退往雩都、韶州。贛州城內隻有大學士楊廷麟、督師萬元吉、兵部尚書郭維經和一批地方官，守城兵卒不過六千名。