清軍進占浙東，朱以海遁往舟山一帶海島，魯監國政權瀕於瓦解。博洛即部署清軍乘勝入閩。早在這年三月間，清廷所派招撫福建黃熙允的使者蘇忠貴就秘密到達福建，“見到鄭芝龍，見其有誠意歸附”。六月初，清軍渡過錢塘江，征南大將軍博洛又命蘇忠貴“持敕書齎送鄭芝龍”[70]。鄭芝龍既已決定投降清朝，秘密下令仙霞關守將武毅伯施福（施天福）放棄天險，自動撤退[71]。接著又謊報海盜進犯其家鄉安平，上疏道：“三關餉取之臣，臣取之海，海警則無家，非專救不可。”隆武帝派內使持手敕雲：“先生少遲，請與先生同行。”[72]鄭芝龍置之不理，徑自帶領軍隊返回安平。
八月十三日，貝勒博洛、閩浙總督張存仁、巡撫佟國鼎帶領滿、漢軍從衢州出發，收取福建。[73]十八日，清軍未遇任何抵抗，就越過了仙霞嶺。[74]不久前降清的阮大铖跟隨清軍入閩，行至仙霞嶺下時忽然頭麵腫脹，其他官員勸他暫時休息，不要過關。他唯恐失去“立功”機會，堅持隨軍越嶺。為了顯示自己身強體健，他爭先步行登山，對落在後麵的人吹噓道：你們這些年輕人爬山還不如我這六十歲的老頭。攀登到山頂，疾病突發，死於嶺上。其他官員氣喘籲籲到達嶺上時，見他坐在大石上一動不動，呼之不應，以馬鞭撥其辮子毫無反應，仔細一看，才發現他已經死了。[75]跟隨的家人上嶺、下嶺，幾經周折，才在附近居民家中找到幾扇門板，勉強收殮。清軍過嶺後，隨即占領浦城，明巡按禦史鄭為虹不屈被殺。“時有民謠曰：峻峭仙霞路，逍遙軍馬過。將軍愛百姓，拱手奉山河”[76]，對鄭芝龍的不戰而降做了巧妙的諷刺。
鄭芝龍的背叛行徑並不是個別的，當清軍占領浙東時，隆武朝廷的許多官員眼看大軍進逼，為自己的身家性命計，紛紛暗中派人前往浙江向清軍投遞降表。錢秉鐙記載：