清廷接到征南大將軍貝勒博洛的軍隊平定浙江的捷報以後，為了加速征服南明，於1646年（順治三年、隆武二年）八月十五日派遣恭順王孔有德、懷順王耿仲明、智順王尚可喜、續順公沈誌祥、右翼固山額真金礪、左翼梅勒章京屯泰（佟岱、佟養和）統領本部兵馬南下，進攻湖廣和兩廣，任命孔有德為平南大將軍節製各部[50]。孔有德等受命後，回遼東收拾兵馬，直到1647年二月初才到達湖南嶽州。這月十六日，孔有德、耿仲明、尚可喜三王帶領主力由陸路、屯泰由水路，向明軍扼守的新牆、潼溪進攻。明軍不堪一擊，紛紛如鳥獸散[51]。十八日，清軍進迫湘陰，章曠同部將逃往長沙，同督師何騰蛟商量對策。當時駐守長沙的澧陽伯王進才建議調駐守常德的馬進忠、王允才部前來長沙加強防守力量。不料，馬、王二部還在途中，清軍就已經直趨長沙城下。王進才眼看兵力不敵，保護何騰蛟乘船南撤。二十五日，清軍占領長沙。
1647—1648年清孔、耿、尚三王南征圖
孔有德在占領長沙以後，為解除兩翼威脅，在湖南站穩腳跟，派耿仲明進攻常德地區，尚可喜領兵直搗黃朝宣盤踞的攸縣燕子窩。同時派人招降駐於瀏陽的何騰蛟中軍總兵董英。三月初七日，董英率部降清。馬進忠、王允才部在援救長沙途中，得知該城已被清軍所占，退往湘西山區，常德無軍防守，遂為耿部清軍占領[52]。尚可喜兵至攸縣，黃朝宣不敢迎戰，遣人向清軍“討招安。恭順王不允，要洗他巢”[53]，黃朝宣隻好收拾財物領兵竄往衡州。湖南另一明朝將領張先璧則退往寶慶（邵陽）。三月中旬，何騰蛟、章曠先後逃至衡山縣。在清軍追擊下，他倆在雲南將領趙印選、胡一青保護下逃到衡州。四月十四日衡州失守，何騰蛟、章曠又逃到永州、東安一帶；黃朝宣向清軍投降，由於他長期**地方，百姓怨恨，孔有德為了收買人心，下令把黃朝宣父子處死。