施琅在清軍登上廈門島形勢極為嚴峻的時候，曾經率領部卒數十人奮力作戰；鄭成功回到廈門論功行賞，獎給白銀二百兩。表麵上是賞罰分明，可是，鄭成功對施琅的傲慢跋扈卻懷有戒心。作為一軍統帥，鄭成功的弱點在於不能充分任人器使，不能容忍下級對他的不尊重。施琅在明清之際確實是一位出類拔萃的將才，但是他在軍旅生涯的前期始終沒有受到重視。跟隨黃道周率軍援贛時所提建議被拒不聽用；降清後隨李成棟入粵又備受壓抑；廣東反正後轉入鄭成功部下本想大顯身手，卻仍受到部分將領的排擠，鄭成功也未能發揮其所長。盡管鄭成功肯定了他在廈門迎戰清軍的功績，卻不肯歸還他的兵權。施琅在廣東時曾經委婉地提請鄭成功注意主力西進後後方兵力單薄的危險，鄭成功聽不得不同意見，解除了他的兵權。在施琅看來，自己在總的用兵策略上提的建議已經被事實證明是正確的，遣回廈門以後又不顧個人安危，奮勇同清兵作戰，滿心以為鄭成功班師歸來將恢複自己的左先鋒職務。不料，鄭成功回到廈門以後，並不讓他官複原職，左先鋒仍由蘇茂擔任，而且提升施琅的副將萬禮為鎮將（即總兵），施琅依舊落職閑住。施琅大為不滿，向成功報告自己心灰意懶，想去當和尚，借以探測成功對他的態度。成功不為所動，叫他另行募兵組建前鋒鎮。施琅見難以挽回，一氣之下剃光頭發，不再參見鄭成功。這時，施琅的弟弟施顯任援剿左鎮，也對成功的處置不滿，雙方的矛盾日益激化。
導致鄭、施公開決裂的是曾德事件。曾德原先是鄭彩部下的將領，隆武年間隨鄭彩、張家玉入贛，兵敗後改守仙霞嶺[34]。隆武二年六月因巡按禦史尹民興劾奏他“**縱多端”，一度解職回京（福京，即福州），以都督楊耿接替。不久，應鄭芝龍的請求仍派曾德回守仙霞嶺[35]。鄭芝龍降清後，曾德似乎不大得誌，在鄭成功軍中受施琅節製。施琅既被削去兵權，曾德為求出頭之日，利用過去在鄭氏家族軍隊中的關係投入成功營中充當親隨，即所謂“恃鄭氏親昵，逃於鄭所”[36]。施琅聽到消息後，大為憤慨，派人把曾德捉回斬首。鄭成功“馳令勿殺”，施琅卻悍然不顧，“促令殺之”[37]。許多史籍記載鄭、施交惡常把曾德說成施琅的“親丁”“標兵”“標弁”或“從將”“逃將”，並且說他是犯了法逃往鄭成功處。這看來是不了解曾德原在鄭氏軍中地位較高，雖一度隸屬於施琅部下，無論犯法與否，也無論施琅是否已經解除兵權，施琅都無權擅自將他處斬。正是因為諸書作者未查明曾德的背景，誤以為他隻是個一般兵弁，才對鄭成功的勃然大怒感到不可理解，似乎是意氣用事。鄭成功見施琅違令擅殺鄭氏舊將，斷定他是反形已露，就在五月二十日密令援剿右鎮黃山以商量出軍機宜為名逮捕施琅之弟施顯，同時命右先鋒黃廷帶領兵丁包圍施琅住宅，將施琅和他的父親施大宣拘捕。施琅被捕後，在一些親信部將和當地居民的掩護和幫助下，竟然奇跡般地逃到大陸[38]。鄭成功獲悉施琅已經逃入清方管轄區後，怒不可遏，在七月間把施大宣、施顯處斬。施琅得知父親和弟弟被殺的消息，對鄭成功恨之入骨，死心塌地投靠清朝，一意同鄭氏為敵。史學論著裏對施、鄭交惡敘述頗多，這是因為他們是明清雙方爭奪福建沿海地區和台灣起了決定性作用的兩個人物。個人的恩怨有時會改變曆史的局部麵貌。本書無意於糾纏一些細節問題，隻想就大的方麵分析一下這兩位先後叱吒風雲的人物分道揚鑣的關鍵。施琅的一生證明他不愧是一位智勇雙全的將領，雖不能說他缺乏政治主見，但他忽明忽清表明他總是以個人的立功揚名置於一姓王朝利益之上，也許可以說“士為知己者用”是他信奉的行為準則。恃才傲物是他性格上的弱點，無論在明朝還是在清朝他都表現出得意時躊躇滿誌，失意時口吐不滿。然而，卻從來沒有看到他有非分之想的政治野心。對於這樣一個人物，完全在於駕馭得當，用其所長，製其所短。熟悉清史的人都知道，後來康熙皇帝對施琅就是恩威並用，深得禦將之道。鄭成功一直堅持抗清，這同施琅在政治上的反複無常有很大的區別。但他少年得誌，性格剛毅，遇事容易衝動，往往憑一時的好惡不計後果地處理問題，缺乏作為統帥人物必需的全局觀念。施琅叛逃之後，又株連到他的父親和兄弟，很難說是明智之舉。鄭氏家族靠的是海上活動起家，清軍不習海戰，這是鄭軍能夠長期活躍於東南沿海的重要原因。鄭成功處置失當，導致施琅這樣一位傑出的海軍將領投入清方懷抱，使清廷能夠建立一支足以同鄭軍相抗衡的水師，這對後來局勢的發展確實是關係匪淺的。