從1647年起，四川、貴州兩省處於軍閥割據自雄的局麵。大西軍在孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇率領下迅速南撤，三月間已經進入雲南。清軍方麵，肅親王在正月間駐於合川，委任明朝降將王遵坦為四川巡撫。當時南明四川巡撫馬乾扼守內江，豪格命王遵坦對他進行招降，馬乾回信說：“某為大臣，義無降理。古人有言，封疆之臣應死封疆，此正某畢命之時也。”二月，內江被清軍占領，馬乾不屈而死[30]。同月內，豪格進至遵義（明代屬四川，今貴州遵義市），明督師大學士王應熊逃往赤水衛[31]。明四川總兵賈登聯、副將譚得勝降清，豪格以設宴犒軍為名，把二將及所統官兵全部殺害[32]。由於四川地區連年戰亂，社會生產幾乎完全停頓，無法解決糧餉供應，豪格隻好就此止步，率領滿、漢軍經陝西回京，留下王遵坦、李國英（原左良玉部下總兵）等明朝降將駐守四川，兵力非常單薄。奉豪格之命分守各地的將領因糧餉不繼，加上南明將領的反攻，根本站不住腳，被迫向川北撤退。如清署敘府總兵馬化豹守敘府（今宜賓）八個月，從所屬州縣征得的糧食隻有稻穀四十八石、粗米九石，官兵枵腹難忍，除將騾馬宰吃外，“凡捉獲賊徒未奉職令正法，三軍即爭剮相食”。馬化豹無可奈何，由敘府經富順撤回保寧。這年十一月間降清的明朝陝西將領趙榮貴反正，領兵“圍困保寧府（四川閬中），各鎮俱上保寧解圍”[33]。成都總兵李國英原在遂寧、射洪一帶同於大海、李占春部明軍作戰，也率兵退回保寧加強防守[34]。清朝在四川實際上隻控製著保寧及其附近一小片地區。順治四年十一月，清四川巡撫王遵坦病死，由李國英繼任。
在大西軍和清軍主力轉移以後，四川、貴州大部分地區實際上處於分裂割據狀態。南明自弘光朝廷以來雖然任命了閣部、總督、巡撫之類的高級官員，大抵僅擁虛名，實權分別掌握在盤踞各地的軍閥手裏，他們當中的許多人隻知互相爭權奪利，不能組成一支統一的隊伍，利用清軍勢單力薄的機會收複全川。其中主要的人物有：