一個遺址可以且往往包含多個考古學文化的堆積，而遺址分期與考古學文化的分期是應該做嚴格區分的。這是1950年代關於考古學文化定名討論以來（夏鼐1959A），考古學界的共識和常識。“遺址的分期，探討的是不同考古學文化在同一遺址內堆積的先後問題。考古學文化的分期，是指一考古學文化所經曆的曆史的相對年代的劃分。”（張忠培1986）但在相當長的時間裏，圍繞三星堆遺址及其所包含的考古學文化的認識卻存在著相當的模糊性。早在20多年前，即有學者指出，“近十多年來，學者們對‘三星堆文化’與‘三星堆遺址’兩個完全不同的概念糾纏不清，因而滯誤了對三星堆文化及其相關文化的研究，使得四川先秦考古學文化的年代序列處在一片迷霧之中。”（王毅等1999）梳理學術史，感覺直到近年，圍繞三星堆遺址與三星堆文化，這一問題仍“處在一片迷霧之中”，而三星堆遺址先秦時代遺存分屬於多個考古學文化、三星堆文化始於三星堆遺址第二期的共識來之不易。
一、遺址與文化分期的混淆
在1987年發表的三星堆遺址首篇發掘簡報（1980——1981年度）中，發掘者就指出在已辨識出的三期文化中，“第一期和第二期文化遺物的特征變化較大，判然有別，其間又有明顯的間隙層，故我們認為第一期與第二期文化的年代相去較遠，而第二期與第三期遺物的特征差異不甚大，並有不少承襲因素，可能兩期文化的年代緊相銜接”。該簡報最後雖提出“三星堆文化”的概念，但並未對其內涵給出確切的界定；且文中又有“三星堆遺址文化”的提法，語意含混。
此後，參與發掘的學者的論文中所謂“廣漢文化”和“三星堆文化”，最初指的都是包含三星堆遺址一期遺存在內的先秦時代文化遺存的全部，所以“三星堆遺址文化”的概念被屢屢提及（陳顯丹1987、1988、1989）。當時學者引用轉述發掘簡報時也都是將遺址的四期看作一個整體：“可分為四期，以其獨特的文化麵貌被稱為‘三星堆文化’”（林向1989B）。1987年簡報中本來推定“第一期和第二期文化遺物的特征變化較大，判然有別，其間又有明顯的間隙層，故我們認為第一期與第二期文化的年代相去較遠”，但在後來參與發掘的學者論文中則有了“從時代來講，從新石器時代晚期至西周，兩千年時間的延續從未間斷過”（陳顯丹1989）的提法。直到近年，仍有類似的表述：“（三星堆遺址）一至四期的堆積在地層上是連續的，文化上是傳承延續的。……從在一個遺址上集以上幾者為一身，人類古文明在一個遺址上長時間地演繹了一個完整的過程這個意義上來說，也是中國唯一的標本。她還是中國唯一延續了兩千年的先秦古都城遺址。”（高大倫等2016）