人事調整
對上的問題解決了，餘下的就是對下的問題了。對於高拱的被驅逐，百官中多有不服氣者。張居正對自己聯馮保驅高拱的事情做了大量的撇清，反複向人解釋，自己對高拱被逐“冒死為之營訴”。
然後就是清理門戶。隆慶六年（1572）六月，張居正對南北兩京四品以上官員進行考察；七月，對所有京官進行考察。這就是威力很大的“京察”。兩次大掃除，張居正共斥退吏部員外郎穆文熙等三十餘人，並將吏科都給事中韓楫等五十餘人調離京城。之後，張居正從庶吉士中補充了一些人進來，重建了言官隊伍。
後來，張居正又貶斥了一批尚書、巡撫級別的高官。
內閣裏，高儀死了，張居正不能“獨相”。呂調陽是個忠厚長者，因此張居正推薦禮部尚書呂調陽入內閣。
吏部尚書由當時資望最高的楊博擔任；禮部尚書空缺，由陸樹聲補上；兵部調來抗倭名將譚綸；戶部用了王國光；刑部用了王之誥；工部朱衡與左都禦史葛禮光留任。這些人，都是素有清望的大臣。其中王之誥是張居正的親家，但從不依附張居正，頗得輿論推崇。
張居正的這次清洗，既是為將來萬曆新政革除弊政打下基礎，也是張居正為建立自己的權力體係而采取的措施。