吳昌時和周延儒先後被處死，而祁彪佳回到老家後，已經對朝政的振興失去了信心。他一回到紹興老家，就試圖辭官。十月份打了退休報告上去，因為路途遙遠，公文運行緩慢，一直到甲申年二月吏部公文到達“不蒙聖允”。延至三月二十六日，他隻好再次放棄家中造園之事，赴南京履任。這時距離開北京已經半年之久了，在這半年之中，北京發生的變化他甚至還不是很清楚，也就是三月十九日崇禎王朝已經宣告覆滅，北京陷落於李自成之手，崇禎帝已經自盡煤山。
事後他追記這一天，越中天氣清和，春風四敷，一點也沒有大難降臨的征兆。這一天他會晤了紹興知府於穎，和一些客戶核算造園的石工賬目，還有幾檔應酬，回複了幾封信。這種時空阻隔造成的信息隔膜，隻到四月二十七日行至江蘇句容才感受到隱隱約約的風聲，次日行至淳化，王朝覆滅的消息才被坐實。他感覺到了形勢的緊迫，再提所謂“退休致仕”請求，於君臣大義，似乎不相符合，此時稱病，身雖安而心不安，於是決計去南京赴任。祁彪佳為弘光朝效力約不到半年。
他就任的是蘇、鬆兩府巡撫。這實在是一個苦差事。是為朝廷在蘇、鬆地區的最高行政長官，末世巡撫無非催糧征稅，解決軍需為小朝廷的運轉提供經費。他致力解決因戰亂引起的米價哄漲，囤積居奇，通貨膨脹等一係列社會問題，並著力整頓鬆懈的地方防務。這一段時間，他負責安定地方治安，為朝廷籌糧籌款，收拾散亂的人心，調解駐軍和地方之間的糾紛，可以說四處奔波日夜操勞，常常忙到住宿在夜行的船中，在船上還要挑燈草疏，每晚都要熬到三更後才睡覺。
軍閥高傑的兵馬騷擾揚州，百姓奔避江南，祁彪佳奉命巡撫江南，斬倡亂者數人，一方遂定。高傑，外號翻山鷂，原來就是一草寇，曾為李自成部將，因為驍勇善戰，深得李氏信任，李外出征戰期間，委托高傑駐守老營，保護家屬。高傑竟然和李自成小妾邢氏勾搭成奸，背叛李自成投降明總兵賀人龍，後因圍剿農民軍有功，成為朝廷的總兵官。但是作為叛徒，一直遭到李自成部的追殺。高傑隻好一路率敗兵燒殺搶掠逃到徐州，被鳳陽總督馬士英所接納，自此成為淮北四鎮總兵之一，駐節揚州郊外瓜洲渡一帶。因為擁戴弘光帝有功被封為興平伯。他曾經縱兵包圍揚州企圖入城肆虐，遭到全體揚州民眾的堅決抵製，雙方相持不下，後由史可法出麵從中斡旋，揚州之亂得以平複。