順治丁亥年（1647年）歲末，江陰黃毓祺謀反案發，老錢也受到牽連，被抓到南京獄中關押審查。《明史》有黃毓祺傳，記載比較簡單：
貢生黃毓祺者，好學，有盛名，精釋氏學。與門人徐趨舉兵行塘，以應城內兵。及城陷，兩人逸去。明年冬，趨偵江陰無備，率壯士十四人襲之。不克，皆死。毓祺既逸去，避江北。其子大湛、大洪被收，兄弟方爭死。而毓祺以敕印事發，逮係江寧獄，將行，其門人告知期，命取襲衣自斂，趺坐而逝。[1]
黃毓祺是江陰的貢生，好讀書學習，精通複學，在當地很有名氣。清軍南下時，曾經參與了江陰主簿陳明遇、典吏閻應元的抗清鬥爭。當年這場動天地泣鬼神的鬥爭，陳主簿、閻典吏率義民六萬拒二十四萬清軍於城下，孤城碧血八十一天，使清軍鐵騎連折三王十八將，死75000餘人。城破之日，義民無一降者，陳明遇、閻應元不屈被殺，清軍在江陰進行了三日報複性大屠殺，城中一片斷壁殘垣，幾成廢墟，民眾死傷枕藉，血流漂櫓。史載，短短三日之內，十七萬江陰民眾慘遭屠戮，僅老幼53人得以幸免。史稱江陰三日。這就是清軍入關後用江南士民鮮血鑄成有名的江南三屠“嘉定三屠、揚州十日、江陰三日”的曆史。黃毓祺是屠殺的幸存者，也是堅持抗清絕不屈服的江南士子代表。清順治二年，江陰城破黃毓祺突圍而出，暗中潛藏在鄉間村落之中。等待清兵退去，並於清順治三年丙戍（1646年）冬十一月召集兵馬，期待以一舉突襲攻克江陰、武進、無錫三城。據計六奇在《明季南略卷四·黃毓祺續記》[2]記載（筆者譯成白話）：
黃毓祺，字介子，居住在常熟月成橋。其文章素來受到讚譽，他與常熟的武舉人許彥遠友善。彥遠與南通州監生薛繼周第四子是莫逆之交，薛子也是一位秀才，居住在鄉下的湖**橋，有家財三萬。清初，黃毓祺逃過了江陰三日大屠殺後，又和遠在福建的隆武帝掛上了鉤，朱聿鍵任命他為浙江省提督，可以私自任命屬下官員。黃偽裝成算命的人，在南通等地遊走，他和許彥遠均住在薛家，稱薛公子為周相公。這時，江陰有一名字叫徐摩的人，也寄食在薛家。黃毓祺在薛家居住的時間久了，那些福建隆武朝從海上來的遊擊、參將等官員，前來參見他，外麵雖然穿著滿族的服裝，待到入內相見時皆換上青衣垂手而拜，外麵的人皆不知情。黃毓祺曾經修書一封，說自己將要起義，派徐摩去常熟錢謙益處提取銀子五千兩，用的是浙江巡撫的印鑒。徐摩又和徽州的江某要好，而江某人貪圖錢財，常常與清軍有往來，窺知黃毓祺準備起事的事情，心想這徐摩如果返回南通必然要帶上許多銀子，告發之後一定能夠獲取豐厚的獎賞。等到徐摩到達常熟，見到錢謙益，老錢心知此事難以保密，必然失敗，婉言推卻不願捐款，徐摩持空函返回通州。江某到清兵營地告發黃毓祺謀反，毓祺及薛生一家被抓，押解到南京監獄關押，盡被害。錢謙益受牽連也被抓到南京，雖然自辯清白，得以免罪，就是這樣也花去賄賂上下的銀子三十萬兩。