鄭芝龍降清後，鄭成龍自稱“招討大將軍”與清朝分庭抗禮。順治五年，曾經率軍攻陷同安、進犯泉州；順治六年又派遣手下將領施琅攻陷漳浦，下雲霄鎮，進入詔安。這時明桂王朱由榔稱帝，改年號肇慶已經三年，鄭成功開始使用永曆年號。桂王封成功為延平公。順治七年永曆四年（1650年）成功攻潮州，被清總兵王邦俊擊敗，在攻碣石寨不克後，施琅投降了清軍。在這期間鄭芝龍被清廷封為同安侯，多次嚐試招撫鄭成功，均被拒絕。並改中左所（廈門）為思明州，設置六部管理政務，分所部為七十二鎮，依然遙尊永曆為皇帝，接受朱由榔的封拜，並且每月為漂泊在金門島的魯王朱以海提供豬肉、糧米等物質支持，月給厚廩於明朝的滬、溪、寧、靖等諸王族。[1]
順治十五年南明永曆十二年（1658年）桂王封鄭成功為延平郡王，曾經率水師十萬浩浩****會同魯王張煌言部一路出浙江至崇明，攻陷鎮江，在攻打南京時功虧一簣，敗退南歸。如果鄭成功部攻陷南京，中國的曆史又將改寫。為防止鄭成功的水師與閩浙粵沿海諸省內陸軍民的溝通，清政府實行了十二年的禁海政策，這就是明末所導致的大量“通海案”以捕殺明末遺民力量與鄭成功水師相溝連，聯手抗清的緣由。
據清史稿《鄭成功傳》記載：
成功自江南敗還，知進取不易；桂王入緬，聲援絕，勢日蹙，乃規取台灣。台灣，福建海中島，荷蘭紅毛人居之。芝龍與顏思齊為盜時，嚐屯於此。荷蘭築城二：曰赤嵌、曰王城，其海口曰鹿耳門。荷蘭人持鹿耳門水淺不可渡，不為備。成功師至，水驟長長餘，舟大小銜尾徑進，紅毛人棄赤嵌走保王城。成功使謂之曰：“土地我故有，當還我；珍寶恣爾載歸。”圍七閱月，紅毛存者僅百數十，城下，皆遣歸國。成功乃號台灣為東都，示將迎桂王狩焉。以陳永華為謀主，製法律，定職官，興學校。台灣周千裏，土地饒沃，招漳、泉、惠、潮四府民，辟草萊，興屯居，令諸將移家實之，水土惡，皆憚行，又以令嚴不敢請，銅山守將郭義、蔡祿入漳州降。斯歲聖主即位，戮芝龍及諸子世恩、世蔭、世默。[2]