順治十八年（1661年）七月，新緬王大殺永曆帝隨從官員。十月清兵入緬甸，緬王執永曆帝及其眷屬獻給吳三桂。次年清康熙元年南明永曆十六年（1662年）十二月鄭成功收複台灣。這一年康熙帝殺鄭芝龍全家於北京菜市口。四月吳三桂絞殺永曆帝父子於昆明。五月鄭成功因病與世長辭，年僅39歲。“出師未捷身先死，長使英雄淚滿襟”，鄭成功沒有能夠成為挽回王朝覆滅命運的中興名臣。
鄭成功以決絕的心態，以台灣為反清複明的基地，與福建廈門和澎湖列島形成守望相助犄角互依的戰略態勢，誓與清朝當局周旋到底。當然這隻是鄭成功一廂情願的美好願景，因為明王朝的最後一盞油燈已經油盡燈滅，失去了最後一點複明的希望。此刻，清朝政府也對於招降這位南明永曆帝敕封的延平王失去了信心，終於將豢養在北京的鄭芝龍一家先是流放寧古塔後是滿門抄斬。
鄭成功過去所打的南明永曆帝旗號已經黯淡失色，盡管這麵大旗也隻是鄭成功堅守東南名義上的幌子。南明的幾個短命王朝已經完全失去了行政和經濟、軍事的統治功能，隻是作為某種以地方軍事實力“挾天子以令諸侯”的手段。隨著永曆皇帝被殺，這種名義上號召力也已經完全喪失，南明政權在形式上已經不複存在了。
現在還在金門島苟延殘喘的隻有靠著鄭成功接濟苟活的魯監國朱以海。隨著鄭成功病逝，他的大兒子（世子）鄭經搶奪來了延平王的封號，對於魯監國等王族的接濟也徹底停止，患有嚴重哮喘病的朱以海及其追隨者奄奄待斃。十一月，原依附於鄭成功父子的明魯王朱以海病死於金門。這場曾經轟轟烈烈的“反清複明”運動，終於偃旗息鼓。唯有尚在台灣的鄭經依然打著南明永曆的旗號在經營著台灣。那也隻是繼續以死去的幽靈附體去裝神弄鬼，點燃煙香繚繞中的鬼符，去欺世盜名，在台灣苦心經營著事實上的台灣獨立罷了。