在反清複明無望，麵對清政府的軍事壓力下，鄭經的台灣建國謀求獨立，以求自保的念頭開始萌發。而清政府對於台灣當局也是采取網開一麵，剿撫結合的兩手，謀求台灣統一。
康熙即位於1661年，此時鄭成功收複台灣，南明最後一個小朝廷永曆王朝覆滅。由於鄭成功一直堅持抗清立場，成功去世後其子鄭經繼承了父親主張，繼續與清政府為敵，被清朝視為東南沿海的一大隱患。康熙欲使台灣歸於清廷，安定東南海疆，抱不達目的決不罷休的決心，始終不渝。其策略總的來說是剿撫並用，以撫為主，曾經先後不下數十次與鄭氏父子進行談判，希望和平統一，在反反複複拉鋸式和談中，戰鬥從來沒有終止過。
這是因為從清廷自身來講，陸軍強大而水師薄弱。八旗鐵騎加上投降的綠營兵曾經縱橫南北，**平南京弘光、福州隆武和雲南永曆政權，以及李自成大順軍和張獻忠大西政權殘部，平息“三藩”之亂等等，耗費軍資民力巨大。反而對盤踞於東南沿海及島嶼上的鄭氏水軍顯得力不從心。順治年間年年征戰，耗費大量軍餉，國家財政極為困難。大陸初步實現統一之後，迫切需要與民休息，無力大量發展水師，尤其對剛剛從鄭氏集團分化投降的水師將領並不充分信任，沒有發揮他們的作用。清廷對於鄭氏的戰略基點不是主動出擊，而是消極防禦，采取了“禁海”政策。
禁海也即將山東、江蘇、浙江、福建、廣東沿海居民遷入內地，設立邊界，派兵防守，防止百姓接濟鄭軍，“將所有船隻悉行燒毀，寸板不許下水，凡溪河樹樁柵。貨物不許越界，時刻瞭望，違者死無赦”。遷界禁海的目的在於切斷鄭氏與大陸的聯係，使其失去接濟和沿海民眾支持，這些給鄭軍造成了暫時的困難，促使了鄭軍一部分的投降，但並未如當時所料，在半年之內置敵軍以死地。反而因為遷界、禁海使得朝廷蒙受巨大損失，沿海諸省大片良田荒廢，國家稅收減少，對外貿易停止，百姓背井離鄉，尤其將沿海島嶼空置，正好為鄭氏船隊自由往來出沒，買通守邊士兵創造了條件，鄭軍照樣可以獲得所需物資。因此，可以說禁海並未達到預期目的。