福建巡撫王凱泰病故，現任布政使丁日昌接任巡撫。丁日昌是李鴻章在福建布下的一枚重要棋子，丁日昌不僅要為左宗棠的福州船廠添磚加瓦，培養船政人才，更要關注台灣。台灣在明朝時期被稱作小琉球，台灣和琉球唇齒相依。
如今琉球局勢岌岌可危，李鴻章知道日本雖和他簽了三分琉球的協議，但伊藤博文蠢蠢欲動，少則兩年，多則五年，他還是要在琉球上做文章，若琉球一失，唇亡齒寒，台灣危矣。丁日昌一到任，李鴻章就關照他，每年冬春，巡撫衙門移駐台北，夏秋回遷福州，保持台灣和大陸的緊密聯係，丁日昌建議除台灣台北府，再設淡水、宜蘭、新竹三縣和雞籠廳。李鴻章一概照準。
那年夏天，福州暴雨不止，前後十天，水淹省城，水深幾尺，人都聚在屋頂上煮飯，出行在街上劃船，儼然東方威尼斯，民眾苦不堪言。丁日昌日夜在城頭指揮搶險救災，六天沒下城牆，等到水勢稍退，他剛一放鬆，就一頭栽倒了。
李鴻章十分心疼，寫信給他，說：隨信附上西洋魚油、鐵酒，其藥力強似人參百倍，我和丁香，安徽的妻子，兒子都日常服用，精神大旺，已吩咐人在香港大藥房為你購買此兩種補劑。如今我才領悟中醫都是騙人的，西洋的機器兵法高於我，二者醫術也相差懸殊，西醫外科比內科還神妙，我患足疾，用中醫的湯劑、膏藥，絲毫不見效，隻好改用西醫，吃了十幾粒西洋丸藥，打了幾針，幾日功夫就恢複如常了。明春二三月，請你搭船北上來天津，我延請西醫為你會診，必叫你霍然痊愈。
李鴻章對中醫的偏見和魯迅先生一樣，當年魯迅的父親患了水腫，周家請紹興城最有名的中醫，出診一次要銀元一元四角，且是隔日一次。晚上出診費加倍，出城再加倍。