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1564年10月，奧斯曼帝國的蘇萊曼一世（Suleiman the Magnificent）133主持了一次國務會議。在這次會議上，馬耳他的問題被提了出來，是否要圍攻這個島成為重要的爭論點。雖然爭議激烈，但是蘇萊曼一世本人眼光獨到、意誌堅定，他明白馬耳他是通向西西裏乃至意大利和南歐的跳板。因此，在國務會議結束後，一場關於圍攻馬耳他的法令已經頒布下去。艦隊司令皮雅利（Piali Pasha）134和陸軍帕夏穆斯塔法（Mustafa）135完全領悟了蘇丹圍攻馬耳他的戰略意圖。所有關於這場戰爭的籌備將在來年春季完成。
馬耳他群島比較特別，它主要由戈佐島（Gozo，位於馬耳他島西北，是馬耳他的第二大島）和馬耳他兩個重要的小島組成。相比之下，後者比前者要大得多——後者長29千米，寬14.5千米，而前者長不足14千米，寬約7千米。這兩個島地理位置十分特殊，它們在一條西北—東南走向的軸線上，中間被一道狹窄的海峽分開。馬耳他群島扼守著東西方海上運輸的必經之路，因為它位於西西裏島以南80千米的地方。有意思的是：從直布羅陀到馬耳他群島的距離，同馬耳他群島到塞浦路斯的距離竟然是大致相等的。
馬耳他群島在1530年的時候，曾被神聖羅馬帝國皇帝查理五世（Charles Ⅴ）136贈予著名的聖約翰騎士團（醫院騎士團）。贈予的目的在於，“以便他們能夠安寧地執行其宗教義務，保護基督教社區的利益，憑借其力量與武器打擊神聖信仰的敵人”。這是表麵上的，實際上查理五世不是如此慷慨之人，聖約翰騎士團在8年前被奧斯曼帝國蘇萊曼一世的20萬大軍驅逐出羅得島，一直處於居無定所的狀態，查理五世的“援助之手”是有條件的：首先，騎士團每年必須得向西西裏總督進貢一隻鷹；其次，得保證不與西班牙開戰；特別是最後一條，看起來是一種類似口頭的約定，查理五世將這支作戰英勇無比的騎士團放在柏柏裏海岸線上，目的就是用這支騎士團防禦野心十足的伊斯蘭國家。查理五世除了贈予馬耳他群島處，還贈予了位於北非的的黎波裏（Tripoli）137港口，它是基督徒的前哨站，周圍環伺著充滿敵意的伊斯蘭國家，這既是查理五世的慷慨，又是查理五世的聰明之處。