軍事領域中的強兵改革是清政府的既定政策，在改革進程中遇到的反對阻力最小。隻是由於時間的原因，在這一百天中並沒有取得多少實際效果。而與軍事領域的改革相關聯的是教育體製的改革，軍事改革曾經觸及武科的存廢與改良，而武科考試實際上也是清朝運行甚久的一項既成教育製度，它的存廢不僅與軍事改革密切相關，其實更是教育改革、科舉製度存廢的根本之所在。
一 新舊黨爭拉開序幕
光緒皇帝宣布明定國是詔時，一是宣布創立京師大學堂，作為新知識教育的基地以及將來青年知識分子獲取功名的培養基地，期待以新學堂的創辦去取代舊的教育體製；二是將以八股為主要內容的科舉考試製度的弊端大體指出，但對是否廢除科舉考試、怎樣改革科舉考試，光緒皇帝並沒有提出明確的看法，依然期待能夠尋求一個最佳的妥善方案。
6月16日，康有為利用麵見光緒皇帝的機會，直接向光緒皇帝麵陳八股科舉考試製度的危害，以為中國近年來一連串的外交失敗，說到底都是八股惹的禍。
光緒皇帝也認為中國與西方國家目前最大的不同在於各自的教育製度，西方人所學為有用的實學，而中國人所學則基本上是沒有用的東西。這些沒有用的東西當然是指科舉考試製度中的八股文。
第二天，康有為呈遞一份奏折，以自己追求科舉功名的痛苦經曆痛斥八股科舉考試製度的荒謬，強調中國在甲午戰爭中之所以失敗，被割去大片土地，承擔大量的戰爭賠款，並不是朝廷無能，而根本原因在於八股科舉考試窒息了士人的性靈。他強烈要求清政府立下明詔，廢除八股科舉考試製度，從此中國知識分子內講中國文學，以研經義、國聞、掌故、名物，則為有用之才；外求各國科學，以研工藝、物理、政教、法律，則為通方之學。他建議政府第一步廢除八股考試內容，同時加快新教育建設的步伐，宏開學校，教以科學，等到學校盡開，第三步就是逐步廢除科舉考試製度。