太平天國首都的陷落，頓使各地的太平軍以及與太平軍已結為一體的撚軍的活動失去重心。但他們仍堅持鬥爭達4年之久。南方的太平軍餘部曾以閩西南和粵東為根據地，太平天國的旗幟在閩南重鎮漳州飄揚了7個月。南方的餘部最後於1866年在粵東失敗。長江以北的餘部則與撚子一起結成了剽悍的撚軍。他們以步騎結合、機動靈活的戰略戰術，縱橫馳騁於黃淮與北方大地，在與清軍的作戰中曾多次取得勝利，甚至連不可一世的僧格林沁也兵敗身死。但在清王朝的全力圍剿下，撚軍活動區域日漸縮小，加之無後方依托，終在1868年覆敗。全國各地各族群眾的造反直到1874年才最後平息。
一 長江以南的餘部
1864年7月19日天京城破的當晚，幼天王洪天貴福在李秀成的掩護下得以逃脫清軍的追擊。他在尊王劉慶漢、養王吉慶元等的保衛下，從淳化鎮經東壩到安徽廣德州，會合幹王洪仁玕等，不久又被堵王黃文金迎至浙江湖州。洪仁玕、黃文金等在湖州會議，決定入江西建昌、撫州會合侍王李世賢、康王汪海洋等軍，再去湖北會合扶王陳得才等軍，“踞荊（州）、襄（陽），以窺長安”。8月下旬，黃文金等自湖州撤退，取道安徽、浙江交界入江西。但李世賢等部已向贛南轉移，黃文金不久又病逝，這支部隊的軍心渙散了。10月上旬，部隊終在江西石城縣覆沒。幹王洪仁玕與幼天王等先後被俘。洪仁玕在囚禁中慷慨激昂，在親書供詞中詳細敘述了洪秀全敬拜上帝及太平天國自金田起義直到定都南京的曆史，對其本人到天京後所參與的重大事件敘述尤詳。他並表示願意效法文天祥，為國盡忠。不久，洪仁玕即在南昌從容就義。
（魂）得升天”，七日禮拜讚美；又提及他9歲時已有4個妻子，天王不準他與母親、姊妹見麵，隻準他讀“天主教的書”，不準他看古書，從來沒有出過城門；等等。但這位經曆了幾個月艱險變故的少年，竟然也懂得了一些世故。他在手書的詩句中，吹捧“清朝皇帝萬萬歲”，表示自己不樂意做長毛，願去“讀書考秀才”，並自動將自己的名字洪天貴福改為“洪貴福”。幼天王最後一篇詩句的落款是“甲子年十月初六日”，也即同治三年十月二十日（1864年11月18日），他就在這一天被清朝政府淩遲處死。