上疏乞休致，不允。又以龍川諸處係山林險阻之所，盜賊屯聚之鄉，當四縣交界之隙，乃三省閏餘之地，政教不及，人跡罕到。其間接連閩、廣，反覆賊巢，動以百數。據而守之，真足控諸賊之往來，杜奸宄之潛匿。遂疏請於和平地方建設和平縣治，以扼其要害。又以大賊酋龔福全、高仲仁、李斌、吳?等邀路劫殺軍民，攻掠郡縣，命三省將官剿平。上三省夾剿捷音疏。朝廷論功行賞，升右副都禦史，蔭子一人錦衣衛，世襲百戶，寫敕獎勵。懇疏辭免，乞原職致仕。溫旨慰留。因奏平定廣東韶州府樂昌縣等賊捷音，查例加升子本衛，世襲副千戶。
在贛雖軍旅擾擾，四方從遊日眾，而講學不廢。褒崇象山陸子之後以扶正學。贛人初與賊通，俗多鄙野。為立保甲十家牌法，於是作業出入皆有紀。又行鄉約，教勸禮讓。又親書教誡四章，使之家喻戶曉。而贛俗丕變，贛人多為良善，而問學君子亦多矣。
十四年正月，再疏乞放歸田裏。當路忌公，欲從其請。王公瓊逆知宸濠必將為變，一日，召其屬主事應典曰：“我置王某於江西，與之便宜行事者，不但為溪洞諸賊而已，或有他變，若無便宜行事敕書旗牌，將何施用？”時福建有軍人進貴等之變，王公曰：“此小事，不足煩王某。但假此以牽便宜敕書在彼手中，以待他變。爾可為我做一題稿來看。”稿成，具題。降敕與公曰：“福州三衛軍人進貴等協眾謀反，特命爾暫去彼處地方會同查議處置，參奏定奪。”
時濠陰謀不軌，亦已有年。一日，命安福舉人劉養正往說公雲：“寧王尊師重道，有湯、武之資。欲從公講明正學。”公笑曰：“殿下能舍去王爵否？”既而令門人冀元亨先往，與濠講學，以探其誠否。元亨與語矛盾；濠怒，遣還，密使人殺於途，不果。公以六月初九日自贛往福建勘事。十五日至豐城縣界，典史鄞人報濠反狀。繼而知縣顧佖具言之。公度單旅倉猝，兵力未集，難即勤王，亟欲溯流趨吉安。南風方盛，舟人聞宸濠發千餘人來劫公，畏不敢發，乃以逆流無風為辭。公密禱於舟中，誓死報國。無何，北風大作。舟人猶不肯行；拔劍馘其耳，遂發舟。薄暮，度勢不可前，潛覓漁舟，以微服行；留麾下一人服己冠服在舟中。濠兵果犯舟，而公不在。欲殺其代者，一人曰：“何益？”遂舍之。故追不及。是夜至臨江。知府戴德孺喜甚，留公入城調度。曰：“臨江居大江之濱，與省城相近，且當道路之衝，莫若吉安為宜。”又以三策籌之曰：“濠若出上策，直趨京師，出其不意，則宗社危矣。若出中策，則趨南都，大江南北亦被其害。若出下策，但據江西省城，則勤王之事尚易為也。”