朱顯波帶領大明軍隊勝登陸，包圍了赤嵌城荷軍，並割斷了赤嵌城與台灣城之間的聯係。當時，坐鎮赤嵌城的荷軍司令官描難實統帥下兵力約400人，龜縮在台灣城中的荷蘭侵略軍長官揆一屬下兵力約有1100人，戰艦和小船各兩隻。荷軍兵力雖弱，但氣焰囂張侵略者狂妄叫囂“二十五個中國人合在一起還比不上一個荷蘭兵”，“隻要放一陣排槍，打中其中幾個人，他們便會嚇得四散逃跑，全部瓦解”。
荷蘭人沒錯，他們對自己的洋槍有信心，但是他們不知道朱顯波也有那玩意，而且有很多，射程也不差，因此荷蘭人的失敗似乎一開始就注定了。朱顯波聽到當地老百姓傳出的荷蘭人吹牛時，得意的笑了，情報啊，荷蘭人還是輸在情報上。
揆一妄圖憑借其船堅炮利和城堡堅固，分三路向明軍實施反撲：一路分戰艦向停泊在台江的中國船隻進攻，一路由貝德爾上尉（又名拔鬼子）率兵2400人抵抗從北線尾登陸的明軍，一路由阿爾多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。我軍從禾寮港登陸紮營後，即遭到赤嵌城荷軍的炮擊。
同時，荷軍又放火焚燒馬廄、粟倉。於是派傷不起等率軍前往看守堵禦。接著，調整了部署：命令穆友前、龍康仔率領統船控製鹿耳門海口，以便接應第二梯隊登陸；令宣教前鎮陳澤率兵防守北線尾一帶，以保障主力側後安全，並置台灣城荷軍於腹背受敵的境地，另派兵一部監視台江江麵，切斷赤嵌城與台灣城的聯係，為從海、陸兩麵打敗荷蘭侵略軍的反撲作好了準備。
三月初三，在北路發生了北線尾陸戰。北線尾是一個不到一平方公裏的沙洲，南端與台灣城相對，北端臨鹿耳門航道。荷軍貝德爾上尉趁我軍剛剛登陸，率領2400名士兵，乘船沿台江岸邊急駛北線尾，上岸後即分兩路向明軍反撲。貝德爾指揮荷軍以12人為一排，疏開戰鬥隊形放排槍，逼近明軍。