鑒於台灣城城池堅固，強攻一時難以得手，為了減少傷亡，進一步做好準備，朱顯波決定采既“圍困俟其自降”的方針。一方麵派遣傷不起率兵紮營台灣街圍困荷軍，一方麵把各鎮兵力分駐各地屯墾。同時前往高山族人民聚居的四大社（新港、目加溜灣．肖壟、麻豆，均在今台南縣）進行巡視，受到當地人民的熱烈歡迎。
同時不斷的從福建用船運送步兵前往台灣，以期全麵肅清荷蘭餘毒。也防止荷蘭人從印度洋支援過來。
五月二日，明軍軍第二梯隊6000人在唐寧波等將領的率領下，乘船20艘抵達台灣。明軍軍的兵力得到加強，供給得到補充後，從五月五日開始，在所有通向城堡的街道上都築起防柵，並挖了一條很寬的壕溝，圍困荷軍。朱顯波又三次寫信勸揆一投降。揆一仍幻想巴達維亞會派兵增援，拒絕投降。
“皇上，讓臣做先鋒攻城吧。”後來的唐寧波主動請纓。
“唐將軍，既來之則安之，朕來了幾個月了都不急呢，將來有你立功的地方。替朕多想想破城之策吧。”
“微臣明白。”這海路結合戰，唐寧波也不怎麽有把握，既然皇上有計劃，就按計劃進行吧。
朱顯波在等荷蘭人投降，情報工作也沒停下，一方麵是把真實的戰報放給荷蘭人，另一方麵是散布謠言，大明將傾全國之力圍困荷軍至彈盡糧絕，當然更主要的是看看是否荷蘭人真有支援。
五月二十八日，荷蘭殖民當局得到荷軍在赤嵌城戰敗和台灣城被圍的消息後，匆忙拚湊了7000名士兵、10艘軍艦，由雅科布•考烏率領，經過38天航行，於七月十八日到達台灣海麵。
他們見明軍戰船陣容雄壯，躊躇不前，加之風浪很大，在海上停留了將近一個月之後，才有5艘戰船在台灣城附近海麵碇泊。其中“厄克”號觸礁沉沒，船上士兵被我軍俘虜。從俘虜口中得知荷蘭援軍兵力情況後，加緊進行圍城和打援部署。