統治者所嚴厲禁止的**祀妖神，固然是針對整個民間宗教，但對道教的壓製卻更為嚴酷。盡管佛教“胡神”也多遭斥廢，但在整個魏晉南北朝時期，各路道教教派的反抗與統治者對它們的鎮壓以及道教自身向統治者的皈依等事跡卻十分引人注目。在這一過程中成長起來的道教神話在後期中國神話中占有重要地位。
我們前麵所述的於君道，其自身並不存在有意地、直接地傷害統治者的行為。它因替人治病靈驗、符水靈驗而獲得民心，其矛頭並不是直指統治者。相反，於吉為孫策效力，但這種來自民間的威信本身就是對統治者的傷害，所以作為異端遭到打擊是十分自然的。崇祀孔子，貶斥老子，至少在唐以前的統治文化中是主流。
道教究竟在哪些方麵妨害了統治者的利益呢？我們這裏不想就其教義作廣泛的闡述，單就與神話密切相關的部分所產生的影響進行一些分析。
一類是托老君之言為讖，煽起反統治者的武裝起義的火焰，或者將當年的鬥爭史化為神話，成為繼續鬥爭的精神武器，其行為是對黃巾傳統的繼承。
其間影響最大的是東晉末孫恩、盧循以五鬥米道發起的一場大亂。《晉書·孫恩傳》載，孫恩為孫秀之族，世奉五鬥米道，孫恩叔孫泰師事錢塘杜子恭，有秘術。孫泰頗浮狡有才，百姓敬之如神，四方之人多從求秘術。“泰見天下兵起，以為晉祚將終，乃煽動百姓，私集徒眾，三吳士庶多從。”後孫泰事發被誅，眾人認為他沒死，是“蟬蛻登仙”了。孫恩繼起，往來於吳會與海島間。觀孫恩之起兵，固因東晉亂離，民眾欲反，而參與造反者多為五鬥米道所宣揚的仙道所誘。起義者撤離時，女教徒有嬰兒不能帶走，便用竹筐盛嬰兒投於水，說：“賀汝先登仙堂，我尋後就汝。”[16]至於這些仙堂是何種境地，因史載有闕不可確知。然而，民眾既然如此狂熱，其仙堂的迷人程度可知。孫恩所統民眾並不完全是因苦難忍無可忍而揭竿而起的，他們在很大程度上是出於一種宗教的感召而參與造反的。造反者並非都是民眾，江南士族也多信五鬥米道，孫恩妹夫盧循就來自著名的士族家族。因此，這次造反不能稱為純粹的農民起義。孫恩、盧循起義破壞性很大，東晉因此衰落，而五鬥米道也因此遭重創。