公元1198年，羅塔裏奧的塞格尼伯爵，繼在位沒幾年的叔叔保羅之後登上了教皇的寶座，成為英諾森三世教皇。
他是曾經在拉特蘭宮生活過的最顯赫的人之一。他即位教皇時年僅37歲，曾經是巴黎大學和布倫大學的高材生。他富有、聰明、精力充沛、雄心勃勃，他非常善於行使職權，可以說“不僅控製著教會，而且控製著整個世界。”
他趕走了從羅馬派到意大利的總督，收複了意大利半島上那些被帝國軍隊占領的領土，開除了帝國王位繼承人的教籍。那位可憐的王子發現自己內外交困，隻好撤出了阿爾卑斯山脈。就這樣，他使意大利擺脫了德國的幹預。
他組織了著名的第四次十字軍東征，但是，他們根本沒有去過聖地耶路撒冷，而是開向了君士坦丁堡，殺害了許許多多的當地居民，搶走了大量財物。自此以後，任何十字軍戰士到了希臘港口都會膽顫心驚，害怕被當做罪犯絞死。英諾森非常反對這樣的行徑，這會讓少數受人尊敬的基督教徒感到厭惡和絕望。但是，英諾森是個務實的人，他很快接受了現實，並任命一名威尼斯人擔任君士坦丁堡主教。通過這樣聰明的一招，他把東正教再次納入羅馬管轄之下，同時，也獲得了威尼斯共和國的善意，於是，威尼斯把拜占庭當做了自己東部殖民地的一部分。
在精神方麵，這位教皇也展現了自己的能力和圓滑。
在經曆了近一千年時間之後，教會終於開始認為，婚姻不僅僅是男女之間的民事合約，而是非常莊嚴神聖的儀式，需要由教士在公開場合進行祝福，才能真正有效。當法蘭西的飛利浦·奧古斯特和裏昂的阿方索九世按照他們各自的獨特偏好管製他們的國內事務時，教皇趕緊提醒他們別忘了自己的職責；他們極其謹慎，立即遵照教皇的意願行事。