王昆侖加人中國共產黨以後，根據黨的指示，他全身心地投入到秘密的工作中。為了確保在國民黨中樞機關得到黨所需要的情報，並能保證他的真實的政治身份不被國民黨的特務機關偵知，他依然以國民黨右派的政治麵貌出現。為此，他表麵上不僅繼續和他撚熟的右派元老時相過從，而且還和各地方實力派尤其是派駐首都的代表頻頻交往。實事求是地說，王昆侖不僅向中共中央提供了國民黨上層方方麵麵的軍政情報，為中共中央一些政治決策提供了依據，而且對這些地方軍事實力派領袖人物的思想轉變也起到了一定的作用。
王昆侖在一般的國民黨人的眼中，又是一位激進的抗日派。如果他突然放棄救亡抗日的政治色彩，必然會引起懷疑。為此，他一方麵為了應付國民黨―主要是特務的視聽，一方麵又想影響、團結更多的年輕人走上正確的革命道路，他請示黨組織並得到了同意，決定創辦南京讀書會。
王昆侖晚年曾多次談到創辦南京讀書會的事。據他的回憶是在入黨前後，他向盧濤、王世英同誌匯報說：“我在南京搞了組織，叫‘馬克思主義研究會’，有意組織進步青年學習馬克思主義。”盧濤和王世英均不讚成，認為政治色彩太濃。遂改為讀書會。
王昆侖為了擴大讀書會的影響，請在南京中央大學讀書的妹妹王楓介紹更多的進步青年參加。為了掩人耳目，他還利用節假日搞郊遊和爬山活動，打出的口號也是冠冕堂皇的：為準備救亡抗日進行軍訓和健身。實質上呢，他則是利用這樣的機會向進步青年宣講國內國外的政治形勢，使更多的人投入到救亡抗日的洪流中去。
王昆侖的言行雖然沒有暴露其政治身份，但依然引起了軍統特務頭子戴笠的重視。在這期間，蔣記國民黨為確保“攘外必先安內”國策的執行，在其統治區―尤其是南京和上海大搞白色恐怖，不少共產黨的地下組織被破壞了，很多黨的優秀幹部死在敵人的屠刀下。為了王昆侖的安全，也為了保證黨的白區工作能正常運行，盧濤和王世英專門和王昆侖談了一次話：