《四庫全書》之命運變遷，更令人做深長之思。
南三閣之文宗、文匯兩閣毀於戰火。兩閣地處鎮江、揚州，閣中事務由兩淮鹽政經略，每年派紳士十幾人，司其檢曝借收。當地士子也時常至閣閱覽、借抄。先是道光二十二年（1842），鎮江被英軍攻陷，文宗閣遭受塗炭，但所藏庫書幸未被全毀。十一年後，鹹豐三年（1853），太平軍攻入鎮江，寺僧得知消息，方丈督促僧眾忙著轉移佛經，卻沒有通知典守《四庫全書》人員，至文宗閣庫書被悉數燒毀。太平軍很快攻打揚州，當地士紳敦請鹽運使劉良駒轉移文匯閣庫書，劉良駒置之不問，太平軍焚毀文匯閣，庫書竟無一冊被搶出。同治初，曾國藩曾派學者莫友芝到鎮江、揚州探訪兩閣《四庫全書》下落，試圖找到一些前此借錄未歸或拾諸未燼之書，但無功而返。文宗、文匯兩閣庫書僅存世半個世紀，即片紙無存。
杭州文瀾閣遭太平軍塗炭。文瀾閣庫書由兩浙鹽運使掌管一應事務及維護經費支出，聘請地方著名紳士擔任司事、訓導等職，負責書籍收發借閱事項，士子得讀中秘之書，多有受益。鹹豐十年（1860），太平軍第一次進入杭州，文瀾閣庫書幸未遭劫。第二年太平軍再次進入杭州，浙省大小官員棄城潰逃，已傾圮的文瀾閣內《四庫全書》大量散佚，當地藏書家丁申、丁丙兄弟避難至此，偶見市中商家賣物，率以字紙包裹，取視皆為《四庫全書》散葉，立即隨地撿拾，得數十大冊。丁氏深夜潛入閣內，肩負手持，搶救十餘日，得書八千餘冊，藏於杭州府尊經閣。太平軍退走後，丁氏兄弟又委托書賈前往杭州搜訪購求，收得一部分散佚圖書。
光緒六年（1880），地方官吏及士紳發起，重建文瀾閣，第二年工程告竣，文瀾閣基本上恢複舊時規製。文瀾閣建成後，將原存於尊經閣的《四庫全書》殘本移置閣中，經初步清檢編目，共存八千三百八十九冊，不足原數四分之一。丁氏兄弟在官府支持下，設立書局，主持補抄事宜，還盡出家藏八千卷樓舊本，同時廣泛搜羅當地藏書家藏書，以備采擇。從光緒八年到十四年（1882—1888），用六年多時間，補抄闕書二千一百七十四種，闕卷八百九十一種，合之原藏閣本三百三十一種，閣書總數達三千三百九十六種，三萬四千七百六十九冊。此次補抄，不僅使文瀾閣庫書初具規模，而且補足了全書所收某些書籍的缺佚。如宋魏了翁《尚書要義》，《四庫全書》收十七卷，原闕三卷，此次補抄，補足了二十卷。辛文房《唐才子傳》，《四庫全書》僅從《永樂大典》輯出各條，厘為八卷，此次補抄，補足十卷，以成全璧。