四庫館機構有兩個係統，一是翰林院四庫館係統，一是武英殿係統。
翰林院四庫館係統即“辦理四庫全書處”，是負責纂辦四庫全書的中樞機構，所以總裁辦公常駐翰林院。有些總裁因分工需要，也經常要入直武英殿，如王際華、金簡、董誥等。翰林院環境清幽，對麵是清秘堂，也稱東齋房，堂前有瀛洲亭，一泓池水，亭台相映，極為幽雅。
翰林院四庫館以纂修官為代表，轄總辦處、提調處、校辦處（分轄校辦《永樂大典》輯佚書處、校辦各省遺書處、校辦內府發出書處）、總目處、收掌處諸機構。
總辦處是總裁和總纂官辦公的地方，劉統勳於乾隆三十八年（1773）二月二十一日奏，“查翰林院衙門內，現有迤西房屋一區，從前修輯《皇清文穎》及《功臣傳》各書，皆在此纂辦。今奉旨校核《永樂大典》，應將此項房屋作為辦事之所，於檢查更為方便[3]”。總辦處辦公處所亦在此。
校辦處即辦書處，分三處辦公。翁方綱記：“乾隆癸巳開四庫館，即於翰林院藏書之所，分三處：凡內府秘書，發出到院為一處；院中藏書《永樂大典》，內有摘抄成卷，匯編成部者為一處；各省采進民間藏書為一處。每日清晨，諸臣入院，設大廚，供茶飯。午後歸寓，各以所校閱某書應考某典，詳列書目，至琉璃廠書肆訪之[4]。”據《欽定日下舊聞考》卷六十四記載，這三處分別在原心亭、寶善亭、敬一亭和西齋房。原心亭在翰林院西側，先師祠南，有三開間，是校辦《永樂大典》輯佚書的地方，京中官員所獻之書，也藏在這裏。寶善亭和敬一亭皆在翰林院內，都有三開間，是收貯藏書的所在。如前所述，紀曉嵐曾在敬一亭訪獲《永樂大典》。西齋房，在翰林院南，鄂爾泰、張廷玉等纂《詞林典故》卷六下載：“先師祠之南有門，門內為西齋房，凡五楹，南向，以編校《皇清文穎》，設館於此。館之南為原心亭，凡三楹，北向。”