第二年正月，按照皇帝旨意，這第一份《四庫全書》入藏文淵閣。這套書經、史、子、集用四種顏色標示，經部用青色絹，史部用紅色絹，子部用白色絹，集部用黑色絹，分別象征“春”“夏”“秋”“冬”四季。以楠木匣為函套，非常華貴。
文淵閣內部藏書排架是下層當中三間兩旁放置《四庫全書總目考證》和《古今圖書集成》，左右梢間放《四庫》經部書二十架，中層放史部書三十三架，子部書二十二架置上層中間，集部二十八架放上層兩旁。
書分別貯楠木小箱中，安置在書架上。
文淵閣上下層中央，用書架隔開廠廳。正中設禦榻，榻上置一對小方枕作為“迎手”，禦榻靠背是黃緞子軟墊，以金線繡金龍圖案；下層正中，南向懸金漆“匯流澂鑒”匾，北麵南向簷柱掛金漆底黑字楹聯，南麵北向橫眉上懸乾隆皇帝的禦製詩；下層中央廠廳立著一架雕木屏風，設禦座、禦案。
由於文淵閣地處宮禁，又庋藏最先告成的一部《四庫全書》，所以這一部書可謂四部七閣中之最精良。其最精，主要表現在兩個方麵：
首先校勘最為精細。《四庫全書》是陸續纂修、繕寫完成的，內廷四閣和江南三閣都先後進行過多次複校，較大規模的複校就有兩次。抽換、抵換之處頗多，因為文淵閣是備皇上禦覽之書，且首先告成，不僅校勘十分精心，少有訛錯，而且繕寫也十分工整。
其次是從種類、冊數上最為全備。七閣之書由於多次抽換、撤改、銷毀，各閣冊數沒有確切文獻可稽。據乾隆皇帝《題文津閣》詩注，至乙巳年四份全書告成，“每部三萬六千冊”，這隻是一個概數。一九三○年，故宮博物院圖書館根據《四庫全書總目》，對文淵閣庫書進行盤點，統計出閣書共三千四百五十九種，六千一百四十四函，三萬六千零七十八冊，與各閣比較，文淵閣庫書是最為全備的一部。