乾隆五十三年（1788）五月初四日，乾隆皇帝寄諭兩江總督書麟、江蘇巡撫閔鶚元、浙江巡撫琅玕等，令他們各嚴飭所屬，悉心查繳應禁各書。日前皇帝接到安徽巡撫陳用敷的奏章，稱他到任後，各屬呈繳各書已有三十多種，乾隆皇帝質問：“安徽尚非大省，應禁之書，曆年猶未能繳搜淨盡，江蘇、江西、浙江省份較大，素稱人文之藪，民間書籍繁多，何以近來總未據該督撫等續行查繳？豈該三省於應繳之書，業已搜查淨盡？抑該督撫於此等事件，視為無關緊要，竟不飭屬認真查辦耶？”他傳諭江蘇、江西、浙江各督撫：“嚴飭所屬，悉心查察，如應禁各書，該省尚有存留之本，即行解京銷毀，務宜實力查辦，俾搜查淨盡，毋得久而生懈，視為具文[6]！”
四庫館撤銷的前兩天，五月十三日，浙江巡撫琅玕將浙省查繳違禁書籍情形上奏皇上：“臣查浙省查繳應禁各書，自乾隆三十九年（1774）奉旨查辦以後，於四十三年（1778）十二月欽奉上諭，予限二年呈繳，扣至四十五年（1780）十二月，二年期滿，經前撫臣陳輝祖於四十六年（1781）五月奏請展限一年。統計先後共奏繳過二十四次，計書五百三十八種，共一萬三千八百六十二部。”琅玕認為，雖然浙省已查辦十年，先後奏繳二十四次，但浙江為人文淵藪，民間書籍繁多，肯定還沒有徹底查繳幹淨，請求再寬限一年，“俾得逐細查訪，不得稍有遺留[7]。”
四庫館撤銷第三天，五月十七日，乾隆皇帝又一次頒示了“重新查繳禁書”的命令。要求把江浙違礙之書作為重點，再加逐細查訪：“如有應查禁各書，即迅速飭繳銷毀，不使稍有留遺。”
五月三十日，兩江總督書麟奏複，已搜繳《休園省錄》等書一十八種，重複舊書七十七種，書板三千三百八十八塊。江西巡撫何裕城六月初六日奏複，他抵任以後，複經諄訪各屬，“不動聲色，設法查收，務期淨盡。並恐窮鄉僻壤，士民未及周知，複刊簡明告示，飭發教官，散給士子，令其傳抄於鄉村書塾之間，俾人人知曉，源源繳出[8]。”該省收繳《綱鑒綱目續編》最多，有一百八十七部，加上其他應禁之書四十四種，共一千一百二十四本，又五十八帙。也算小有成果。唯獨江蘇巡撫閔鶚元沒有複奏，乾隆皇帝令軍機大臣傳旨嚴厲詢問。