明代時，在元代偃旗息鼓的南曲戲文重新崛起，再次出現在戲劇舞台上。東南幾省及上海地區的南戲發展興盛。因受當地語言的影響，相繼演化出不同腔調的南戲腔種來，並以迅猛的速度向南北各地擴張。因各地方的語言和音樂特色有所不同，南戲的聲腔唱法也呈現更加多樣化的花式，由此產生了不同唱腔的南戲變體，共有15種：餘姚腔、海鹽腔、弋陽腔、昆山腔、杭州腔、樂平腔、徽州腔、青陽腔（池州調）、太平腔、義烏腔、潮腔、泉腔、四平腔、石台腔、調腔。其中昆山腔、弋陽腔影響最大。
昆山腔又簡稱“昆腔”，誕生於元末明初。元代末年，南戲在江蘇昆山重新興起。南戲演藝中原有的樂曲和當地的民間曲調互相結合，形成了富有當地特色的聲腔。戲曲家顧堅在此基礎上繼續推動兩者的融合，使這一獨具特色的聲腔在當地得到了長久的發展。因此顧堅被視為昆腔和昆曲的創始人。
昆腔的進一步改良和繁盛發展，有賴於明代戲曲音樂家魏良輔。
嘉靖後期，繁榮的經濟使得江蘇成為當時的戲劇中心。著名樂曲家魏良輔周遊江蘇，鑽研流傳於昆山一帶的傳統戲曲唱腔。他“以文化樂”，不滿足於南戲原有的聲腔，又被昆腔通俗、婉轉的音樂特點所吸引，於是聯合了昆山地區的音樂家、戲劇家等對昆腔進行改良。改良後的昆腔吸收了當時流行的海鹽腔、餘姚腔及江南民歌小調的某些特點，加入了三弦、提琴、笛子、洞簫等管弦樂器，具有細膩婉轉的特點。因為它是經由許多人共同鑽研精造的，下了一番“水磨功夫”，又被稱為“水磨調”。
水磨調演唱中按照字的聲音來發腔，以昆山腔的語音確立南北曲調的宮調旋律，“啟口輕圓、收音純細”“轉喉押調”“字正腔圓”，這種融南北曲為一體的唱腔就是現在的昆腔。在音樂結構上，昆腔同時吸收了雜劇音樂的嚴謹性和南戲音樂的靈活性，使一折戲中若幹曲牌既有宮調的變化，又依照一定的宮調運用法則來加以規範，戲劇中的音樂更加豐富，所呈現的人物表演更加生動。