巴赫被稱為“現代音樂之父”，生前卻絲毫沒有享受到該有的榮耀，作品不被世人理解，沒有贏得社會的承認，在死後更是默默無聞，直到1829年，門德爾鬆在柏林指揮上演了巴赫的《馬太受難曲》，巴赫才被世人所知。那個時候，門德爾鬆隻有20歲，開始人們對作品和指揮都持觀望的態度。《馬太受難曲》上演後，好評如潮，巴赫的音樂也得以聲名鵲起。音樂家創建了巴赫學會，專門搜尋研究巴赫的作品。此時距離巴赫完成這部作品，恰好一個世紀。
由於巴赫是一個虔誠的路德宗信徒，把一生的大部分精力都用在宗教作品的創作上，因此他浩如煙海的音樂作品中，大約有四分之三是宗教音樂，所以被後世的研究者們視為最偉大的宗教音樂家。
《馬太受難曲》創作於1724到1727年之間。全曲包含七十八首分曲，分為兩大部分：上半部三十五首，主要是耶穌被猶大出賣和被捕；下半部四十三首，描述了耶穌被釘在十字架上的場麵。全曲規模宏大，使用了三個合唱隊，兩個各由十七件樂器組成的管弦樂隊，兩座管風琴。以至於門德爾鬆在擔任指揮時，人們會懷疑他能否駕馭由四百多人組成的巨型團體。
《馬太受難曲》不是用作舞台演出的，它是用來配合教堂禮儀穿插的音樂，是實用性音樂。巴赫寫受難曲時並沒有完全遵循宗教音樂的條條框框，而是大膽借鑒意大利歌劇中的詠歎調和宣敘調，並提高了器樂的作用，讓聲樂和器樂進行對抗，極大地增加了音樂的戲劇性。在這部作品裏，宗教形式與世俗情感已經滲透到一起。巴赫富於創造性的改進在當時引起教會人士的不滿，但對音樂來說，無疑是巨大的飛躍。
《哥德堡變奏曲》也許是巴赫最著名的鍵盤樂曲，也是西方音樂史上結構和規模最宏大的變奏曲。該變奏曲的主題是巴赫在1725年為第二任妻子安娜·瑪格達琳娜而作的小曲集中的一首薩拉班德舞曲。巴赫在此基礎之上，發展成三十段變奏。巴赫幾乎把當時所有的曲式如賦格、卡農、托卡塔、創意曲等都加上，不僅沒有顯得雜亂無章，反而使這部變奏曲傑作像數學公式一樣整齊凝練。