雍正在對管主的使用中，很快發現管主、皇帝及八旗內官員存在著很大矛盾。管旗務的諸王因身份崇高，還影響皇帝對旗民直接統治的權力，而管主又同都統等官員職權難分，往往互相磨擦，不免要常常耽誤公事，於是雍正采取了一係列措施，改革旗內事務。
八旗是清太祖努爾哈赤在統一各女真部落（即後來的滿族）過程中，為了便於管理和征戰而創立的一種全民皆兵的製度。
努爾哈赤非常精明。他把屬於自己的所有兵民分編成八個旗，即正黃旗、鑲黃旗、正紅旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗、正白旗、鑲白旗，而各旗的旗主都由自己的子侄來擔任。旗民在旗主的統轄下，平時耕獵為民，戰時披甲當兵。旗主對下有完全的統治權，對上效忠努爾哈赤。
八旗製度對清朝的創立起過重要作用，但在清太宗皇太極建立“大清”國後，特別是清軍入關以後，它的弊端也日漸顯示出來。因為旗主與旗下有嚴格的主從關係，皇帝如要調發旗下人員，必須通過旗主。旗下隸屬於旗主，同皇帝是間接關係，也就是說旗下有兩個主人，即旗主和皇帝。各旗內親王、貝勒、公是世襲的，他們世代掌管著所在的旗。這樣在對待旗民的統治上，皇帝要直接掌管旗民，加強皇權，旗主要維持對旗下的所有權，因而產生皇權與旗主權的矛盾。在皇太極死後，多爾袞就曾以正白旗旗主的資格，聯合同母弟多鐸所主的鑲白旗，並勾結了兩個黃旗內部的若幹分子，搶奪了清朝的實際政權，先當輔政，後當攝政，終於自稱“皇父”，把順治皇帝當作兒子看待。
多爾袞死後，順治、康熙兩朝皇帝都力圖削弱旗主權力。順治將原多爾袞掌管的正白旗接管過來，加上原來由皇太極掌管的正黃旗、鑲黃旗，形成由“天子自將”的“上三旗”。而上三旗之外的其他五旗，則相對被稱為“下五旗”。康熙統治時期，又派皇子到下五旗中作管主，代替原來的旗主，實際上削弱了旗主的權力。所以雍正以前，八旗旗主勢力逐漸衰微，已無力與皇權抗衡，但是他們還擁有一部分權力，影響著皇權在八旗中的進一步行使。