雍正打擊蔡、李、謝等人，實際上是有意識地以此事作為打擊朋黨的開端，他是要借此來整飭吏治和改變官風。
雍正在其統治的第四年，完成了兩個大規模的反對朋黨的鬥爭，徹底整垮了胤禩集團、年羹堯集團。這兩個鬥爭結束後不久，又出現了直隸總督李紱彈劾河南巡撫田文鏡的案子，引出了第三次打擊朋黨的事件，即反對科甲官員朋黨的鬥爭。
“科甲”朋黨，是指在科舉和官場中形成的座主與門生以及同年關係而結成的朋黨。這種朋黨，在封建社會中由來已久，其影響很深很重。清朝建立以後，也繼續奉行科舉取士製度，因此“科甲”朋黨也很快隨之產生。早在順治帝當政時，就曾命吏部揭榜，申令“不許投拜為門生”，以“永絕朋黨之禍”。在康熙統治的晚年，朋黨之風愈演愈烈，其中很重要的一個方麵就是“科甲”朋黨的盛行。康熙說：朕當政四十多年，以爾諸臣的保奏中可以看出，你們都是各為自己的黨。他在五十五年九月諭大學士、九卿、詹事、科道等官時還說：“九卿及督撫提鎮內，居官貪婪，行止不端者，亦或有之。科道官員，即當從公參劾，乃或因係某大臣保舉，或因係某大臣門生故舊，彼此瞻徇情麵，並不題參。……”可見，因門生故舊而互相朋比黨援，是朋黨的一個重要方麵。朋黨，會敗壞吏治，損害君權，是專製君主所不能容忍的。
雍正在藩邸多年，直待四十五歲才繼位，對於康熙末年包括“科甲”朋黨在內的朋黨橫行的局麵，他是十分了解的。正如他後來所說：“朕在藩邸四十餘年，凡臣下之結黨懷奸，夤緣請托，欺罔蒙蔽，陰奉陽違，假公濟私，麵從背非，種種惡劣之習，皆朕所深知灼見。”特別是在雍正登基前，胤禩、胤禵在與他爭奪皇儲位置時，都以崇尚仁愛和禮賢下士相標榜，竭力籠絡一些科舉出身的官員和著名學者，以抬高自己的聲價。他們的這一招也的確有效，當康熙廢太子時，滿朝官員都傾心於胤禩，其中的漢人官僚絕大多數是科舉出身，胤禩的主張仁義，也深得士人之心。這些情況，必然造成雍正對科甲人的隱恨，從而在他以後對科甲人的政策中表現出來。