然而畢竟事出倉促，不是周密計劃之後的行動，處決易覺先之後，李鳴珂也不幸落入敵手。
關於李鳴珂的被捕，曆史上有兩種說法。
一種是二十一軍特務委員會事後在《朝天門事變》報告中所作的具體記敘：
這時，市麵的情形非常紊亂，不久驚動了城防部團務局航務管理處。這幾人見大事已成，遂分頭鳥獸散。正趕捉間，共黨鄧文書腰間掉下小手槍一支，被城防部拿獲，連同劉森元一同解部。當下軍警團四下搜查，逮捕嫌疑犯數人。李鳴珂打中易覺先後，情急心虛，無路可投，他躲在象鼻子（作者注：朝天門碼頭北側嘉陵江畔地名）湯德軒隔壁二層樓上，次早，他不小心，由二層樓跳下，誤踏斷竹竿，將湯德軒驚醒，問是誰人，他回答：“我是共產黨，你如果藏匿我，我謝你一千兩銀子，保全我的性命。”湯德軒知道他的情形重大，恐惹不測，便趕他出外，這時，遇著巡查隊追趕經過此處，便立刻將李鳴珂擋獲。
另一種說法是當時中共四川省委給中央的報告：
十八日晨約六點半時，他與軍委交通（特務隊同誌）各帶一手槍到朝天門（那天十時江北區委召集會議，決定他去出席，因時間沒有那樣早），剛到城門約二三十家鋪口時，鄧文書即被諜查捉住。鳴珂走在前麵，回頭看見文書被捉，立即取出手槍將諜查打倒。這時易覺先發現鳴珂打槍，一麵取出手槍向鳴珂狙擊，一麵呼喚三十個諜查包圍攏來。鄧文書也抽出手槍來打。不一時將易打倒，另外又打倒五個諜查，其餘諜查向城外引退，他們跟蹤追出了城。當時正值城防部在檢查平安輪上土匪，聽見槍聲，一齊抄攏來。捉匪防務保安隊聽說捉匪，也一齊追來。他們又打倒兩個保安隊，卒因彈盡不得不跑。鄧當場捕獲，李把槍拋了，跑到一個家裏（大約是娼妓的樣子）去躲。他向那主人說：“別人說我是共產黨，我是好人，讓我躲一下就走，我給你一些錢。”那主人說：“不行，快出去。”他於是出來，看看已經沒有什麽了。他剛一進城門，那主人就指說他是剛才打槍的匪人，於是把他捉住，到城防部問時，那主人又來對證，硬說他是共黨。鳴珂說：“你媽的，老子是共產黨就是共產黨！”軍法官打了他四十個嘴巴，不準他說話了。