然而，古語雲：螳螂捕蟬，豈知黃雀在後。
此時，蔣介石的國民黨中央勢力已經隨著追剿長征中的紅軍而名正言順地進入四川。
1934年底，在堵擊紅軍中連遭慘敗的劉湘親到南京，向蔣介石乞援，正中蔣介石下懷。蔣介石一麵滿足劉湘的“三要”（要款，要彈，要權），授權劉湘統一四川軍政，統一指揮、節製川軍，撥給500萬元“剿赤”經費，補充槍械彈藥，特準發行四川善後公債7000萬元，以示恩寵；一麵又提出派中央軍入川協助作戰。後一提議被劉湘拒絕後，蔣介石暫作讓步，與劉湘商定改派參謀團率別動隊入川，指導監督四川的反共軍務，並以劉湘的速成學堂同學賀國光為參謀團主任，這樣才減少了劉湘的疑慮，不好再表示拒絕。
1935年1月，蔣介石的“軍事委員會委員長參謀團”入川。
2月10日，四川省政府在重慶成立。
3月2日，蔣介石飛抵重慶，次日即手令各軍：
本委員長已進駐重慶，凡我駐川、黔各軍，概由委員長統一指揮。如無本委員長命令，不得擅自進退。
蔣介石僅以一紙手令即奪去了劉湘對川軍的指揮權。
3月下旬，紅軍突破川北嘉陵江防線，川軍大敗。5月中旬，蔣介石借川軍潰敗之機，以“剿匪討赤”之名調大批嫡係部隊入川。
10月1日，蔣介石親自主持，將參謀團改為軍事委員會委員長重慶行營，名為輔助劉湘統一川、康兩省，實際已把川、滇、黔的政治、軍事、經濟大權抓到手中。同時，蔣介石決定在成都開辦中央軍校成都分校，將川軍營、團長以上軍官和編餘軍官送該校高教班受訓，還招收川軍軍士和部分青年入校，培養所謂“黃埔精神”，以後川軍軍官中凡不到該校“染水”和不加入國民黨的，均不予任用。
隨參謀團入川的軍委會別動隊，是由複興社特務頭子康澤領導的武裝特務組織。別動隊入川後，除了大肆進行反共活動外，還積極開展反對劉湘的活動，收買劉湘的高級將領，幹預四川地方事務，與劉湘的地方勢力不斷發生衝突。後來矛盾激化到了別動隊員迭遭劉湘部屬或地方袍哥暗殺的地步，甚至在成都還發生了劉湘部下刺殺康澤的事件。