盡管周恩來自己決心在重慶堅持到最後，但作為中共領導人，作為大後方中共組織的最高決策者和指揮者，為了準備應付國民黨頑固派的更大迫害，他仍精心部署了一部分工作人員和黨外進步人士的撤退。
當時需要撤退的人很多，《新華日報》原有工作人員200多人，就要撤退一半以上。除去南方局下屬的一些工作人員及地下黨員外，需要撤退的還有一些共產黨外的進步人士。在那時險惡的環境中進行撤退，稍有不慎，就會發生意外。
因此，周恩來不僅對撤退工作進行了周密細致的部署，他還親自審查名冊，推敲每一個細節。對於就地疏散的人員，他要認真了解他們的經曆、特長和短處，疏散的去向，可利用的社會關係，到達落腳點的證明，甚至遇到盤查時的答話，逐一詢問，隨時提出他所發現的漏洞和改進意見。對有條件通過社會關係在國民黨統治區找到職業，甚至進入國民黨軍隊、政府及其黨部機關工作的，他還要對他們反複叮囑，說明“長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的重要意義，要求他們注意“三勤”（勤學、勤業、勤交友），教育他們在複雜的環境中要“同流而不合汙”，“出汙泥而不染”。
那些日子裏，周恩來常常是通宵達旦地開會，有時連續開幾個晚上。或者是上半夜改稿子，寫文章，下半夜作審查撤退人員的工作。一個一個地審查下來，往往要忙到第二天清晨。這時，他簡單洗一下臉，便又匆匆進城去會客了。
當時在《新華日報》和南方局文委工作的翻譯家戈寶權回憶說，周恩來親自布置疏散工作，“細致得不得了”。考慮到戈寶權搞翻譯工作，需要接觸外文報刊書籍，周恩來特地安排他撤退到香港去，並且囑咐說：
“你買好了衣服，穿給我看看。”