從1956年9月到1960年12月24日離開杜布納原子核研究所的4年多時間裏，王淦昌認為這是他一生從事科學實驗工作最得心應手的好時光，不僅因為這兒的生活條件很好，比在柏林大學留學和在浙江大學工作時不知要好多少倍，更重要的是這兒有當時世界上最先進的高能加速器。美國人在1955年有了第一台6.4GeV級高能質子加速器，但蘇聯這台高能加速器是10GeV級的，超過“老美”的級別。有了高能加速器就意味著可以在研究反粒子領域獲得最快捷的途徑，美國科學家張伯倫和塞格雷僅在美國高能加速器建成幾個月，就利用它發現了反質子，因此獲得了諾貝爾獎。蘇聯高能加速器是最高能量的加速器，在當時，世界物理學界誰擁有了高能加速器，誰就可以去擁抱諾貝爾獎，誰就能主宰東西方世界。杜布納原子核研究所的建立，就是以蘇聯為代表的社會主義陣營希望利用最先進的技術設備與西方世界在尖端科技領域搏一搏。在剛到杜布納原子核研究所時，蘇聯朋友在用伏爾加葡萄酒招待中國客人時就流露出了這種強烈的願望。
“美國的張伯倫和塞格雷算什麽？比起我們的‘北極熊’，他們的高能加速器隻能算小毛驢。小毛驢怎麽能與我們雄健的北極熊較量？哈哈哈……”蘇聯朋友自豪地拍打著自己造的10GeV高能加速器，用猩紅的眼睛盯著王淦昌等中國朋友，半醒半醉地說道：“我們一起……
一起把美國佬趕到大西洋裏，喂……喂鯊魚去！密斯特王，知道你是了不起的科學家，我們全看你的了。
啊，來來，為我們的蘇維埃，為我們的斯大林同誌幹杯！”王淦昌不會喝酒，尤其是蘇聯的那種烈性酒，他一生中最多能喝幾口常熟老家的那種米酒，但在蘇聯朋友的盛情邀請下，沒喝酒心卻快醉了！那天，中國專家第一次來到莫斯科郊外，王淦昌和周光召、丁大釗等漫步在四周是鬱鬱蔥蔥的原始森林的伏爾加河、杜布納河邊，頓覺心曠神怡。之後，他們再沒有時間進行如此悠閑地散步了，每天必須有十幾小時甚至近20小時站在那台龐大的高能加速器旁，或連續幾天在見不著一絲光亮的雲室內……王淦昌開始是作為課題組長指揮中國助手們的，後來擔任了聯合研究所副所長，手下不僅有中國科學家，還有蘇聯、越南、民主德國、波蘭等國的幾十名學者。王淦昌成了整個研究所的一名指揮官，一名向世界科學技術最前沿衝鋒的指揮官。