慈安太後對這個兒媳婦還是非常照顧、體貼的。但慈禧太後則事事看著阿魯特氏不順眼，每每加以指斥、責難。史書上所載，對皇後阿魯特氏“孝貞（慈安太後）亦異常鍾愛，而孝欽（慈禧太後）則非常忿怒。每孝哲（阿魯特氏）入見，從未嚐假以詞色”，當是事實。關於慈禧太後與阿魯特氏不和之事，愛新覺羅·溥儀在其回憶錄《我的前半生》中也有記述。
所幸的是，大婚之後皇帝載淳同阿魯特氏關係尚好。帝後之間情趣比較高雅，相親相愛，堪稱相敬如賓。有史為證“孝哲物度端凝，不苟言笑，故穆宗始終敬禮之。宮中無事，恒舉唐詩以試後，後應口背誦如流。上益喜，伉儷綦篤，而居恒曾無褻容狎語”。但由於慈禧太後對阿魯特氏心懷不滿，看到皇帝載淳對她很好，便格外不高興。於是就對皇帝的私生活橫加幹預，不讓皇帝與阿魯特氏同居，“欲令慧妃專夕”。小皇帝載淳也有幾分倔強，偏不依母親，幹脆誰的寢宮也不去，一人獨居乾清宮。
載淳與慈禧太後母子失和，更使慈禧太後遷怒於阿魯特氏，認為是她挑唆兒子不聽自己的話。這給皇後帶來了更大的厄運。小皇帝與母親鬥氣離開後妃，而獨居乾清宮，開始還可堅持，時間一長，就有些心猿意馬了。在機靈的太監和奕?的子載澄的指引下，他化裝來到宮外不遠的煙花柳巷行走，隻一兩年，便身染重病。同治十三年十二月初五日（1875年1月），小皇帝載淳病死。享年尚不足19歲。
同治雖非慈安的親生兒子，但同治對她的尊重以及他倆的默契卻不亞於親生母子。同治十三年（1874年）十二月初五日，同治帝崩於皇宮養心殿。同治之死，傳說頗多，主要有死於天花、死於梅毒兩說。
據傳說，皇帝載淳因梅毒導致“內陷”身亡。而“內陷”是由驚嚇誘發的。十二月初四日午後，皇後阿魯特氏到養心殿東暖閣探視皇帝病情，載淳見她臉上淚痕宛在，不免關切，便問緣由，阿魯特氏一時忍耐不住，就把又受慈禧太後指責的經過，哭著告訴了載淳。哪知慈禧太後接到密報，已悄悄跟來躲在帷幕外麵偷聽。當聽到皇帝安慰阿魯特氏：“你暫且忍耐，總有出頭的日子”時，慈禧太後已按捺不住心頭的怒火。據說她當時的態度非常粗暴，與民間惡婆婆的行徑無異，掀幕直入，一把揪住皇後阿魯特氏的頭發，劈臉就是一巴掌。皇後統攝六宮，為了維護自己的尊嚴，當慈禧太後來勢洶洶之際但求免於侮辱，難免口不擇言，所以抗聲說道：“你不能打我，我是從大清門飛進來的。”此話不說還好，—說正如火上澆油。慈禧太後一生的恨事，正是不能正位中宮。阿魯特氏的抗議正觸犯了她的大忌，於是索性一不做、二不休，厲聲喝令：“傳杖！”“傳杖”是命內務府行杖，這隻是對付犯了重大過失的太監、宮女的辦法，今日竟施於皇後！載淳聽了大驚，頓時昏厥；這一來才免了皇後的一頓刑罰。而同治皇帝則就此病勢突變“內陷”，終於第二天不治身亡。