順治十八年（1661年）正月初四日，順治帝身患“病痘”（即天花），臥床不起，高燒不止，昏迷不醒，生命危在旦夕。此時皇太後不能不考慮其子身後之事，便授意翰林院學士王熙起草遺詔。反映了她的思想和意向，遺詔內容突出表現在以下三點：
第一、明諭立嗣。皇太後接受太宗未立嗣的教訓，避免繼統鬥爭的重演，另外又考慮到順治帝患“病痘”早逝，福臨的長子已死，次子福全未出痘，三子玄燁已出痘，於是遺詔曰：“朕子玄燁，年八歲，穎慧，克承宗祧，茲立為皇太子”。
第二、異姓輔政。皇太後想到新帝年幼，須有重臣輔政，可是又憶起順治初年，宗室多爾袞輔政期間的種種弊病，故決定選擇非宗室大臣輔政，以便控製，更為效忠，故遺詔“特命內大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鼇拜為輔臣，伊等皆勳舊重臣，朕以腹心寄托，保護衝主，佐理政務”。
第三、安撫滿貴。皇太後深知，清初開國之時，以策略用人，重用大批漢官，滿族貴族不滿，為了安撫他們，在遺詔十四條罪己狀中，有三條是向滿族貴族罪己的，詔曰：“滿洲諸臣或曆世竭忠，或累年效力，宜加倚托，盡厥酞為，聯不能信任，有才莫展。且明季失國，多由偏用文臣，朕不以為戒而委任漢官，即部院印信間亦令漢官掌管，以致滿臣無心任事，精力懈弛，是罪一也”。以此來增強和鞏固滿族貴族內部的團結。
七日，順治帝病逝，將遺詔“布告中外，鹹使聞知”，使得順康政權交接平穩過渡，玄燁即帝位，年號康熙，尊祖母為太皇太後。
太皇太後對年僅八歲的康熙帝十分喜愛，她為了大清王朝的鞏固與發展，培養孫子成為一代英主，一麵加強教育，使他讀書明理，提高以國事為重的個人素質，一麵通過具體政務，增強他治國安邦的能力。康熙帝曾充滿感激之情說：“憶自弱齡，早失依恃，趨承祖母膝下三十餘年，鞠養教誨，以至有成，設無祖母太皇太後，斷不能有今日成立，閣極之恩，畢生難報”。可見，太皇太後對康熙帝影響是很深刻的。