古今中外，晚輩對於自己最依戀的年長之人的感情。很大一部分體現在對其健康狀況的極大關注上，玄燁也是如此。隨著孝莊年事不斷增高，他無時無刻不在牽掛祖母的身體。祖母稍有不適，他會不由自主地陷入擔憂與恐懼；祖母一旦安康，他便如釋重負，心喜若狂。為使祖母康健，去除病災，玄燁還采取了一些具體措施，比如他曾分別於暢春園和南苑，建造思佑寺和永墓寺，以給祖母祈求福佑；康熙二十一年（1682年）二月，他親自居景山齋戒祭星，為祖母祈福，並派遣近禦侍衛關保，偕同太監牛之奇、乾清官首領太監顧文興，“祭星三年”。然而，人的生老病死乃客觀規律，玄燁的願望與所做的一切，並不能扭轉孝莊身體日漸衰弱的趨勢。
康熙二十三年（1684年），孝莊72歲後，身體開始明顯走下坡路，本已有的腦血管硬化、高血壓等病症，進一步嚴重起來。從保留至今的孝莊畫像看，她晚年比較胖，當是誘發這些疾病的重要因素。
康熙二十四年（1685年）六月，玄燁身體欠安，孝莊體恤愛孫“命往口外避暑靜掇”。玄燁遂遵旨，協同皇太子、皇長子巡幸塞外。不料玄燁返京前，八月二十八日深夜，孝莊突然中風，右肢麻木，言語不清。孝莊的近侍太監崔邦吉立刻告知請太醫共同診視、商議，又增加幾味藥，開下藥方，很快配製煎好，給孝莊服用。幾位太醫稟告聞信趕來的裕親王福全、內務府總管圖巴等人：太皇太後“脈尚好，斷無大妨”。服藥後，孝莊的病情迅速緩解。八月二十九日黎明，她吩咐一直在身邊守候的福全傳旨：“著蒙古喇嘛奈寧呼圖克圖看視。”奈寧呼圖克圖診視後，認為“太皇太後中風乃因不潔食物人口而致”，並建議由包括他本人在內共4日名喇嘛，當日起即在慈寧宮花園誦經。孝莊同意了這一做法。