1）、鎮壓川楚陝白蓮教起義
嘉慶元年（1796），爆發了震撼全國的川、楚、陝農民大起義。已經退位仍手握重權的太上皇乾隆帝，立即調兵遣將，圍追堵截，然而，勞師數年，糜餉數千萬，結果是“良民不得已從賊，日以浸多，奔驅三載，不能自拔者數逾十萬”。起義由湖北發展到河南、陝西、四川三省地區。嘉慶帝親政後，毫不遲疑地把鎮壓方興未艾的農民起義作為最緊迫的政務，擺到了議事日程的首位。
嘉慶四年正月初四，即他親政第二天，便命軍機大臣傳諭四川、湖北、陝西督撫、帶兵大臣將領等，指斥他們“奏報粉飾，掩敗為功”。嚴令他們“戮力同心，刻期滅賊”，警告他們：“有仍欺玩者，朕惟以軍法從事”。
此後，嘉慶帝實行一係列新政策，采取各種措施，加強了對農民起義的鎮壓。
但嘉慶一朝，人民的反抗鬥爭幾乎沒有停止過。嘉慶帝雖然把農民起義血腥鎮壓下去了，但是在農民起義的不斷的沉重打擊下，嘉慶帝統治的皇朝變得外強中幹、精疲力盡。
2）、抑製英國入侵嚴禁鴉片輸入
對於從乾隆朝以來已逐漸成為社會公害的鴉片流毒，嘉慶帝是主張嚴加禁止的。他對鴉片流毒造成的危害有清醒的認識。嘉慶十五年（1810），廣寧門巡役查獲身藏鴉片煙六盒入城的楊姓煙販。嘉慶帝在諭令中指出：“鴉片煙性最酷烈，食此者能驟長精神，恣其所欲，久之遂致戕賊軀命，大為風俗人心之害。”他根據當時“嗜食者頗多，奸商牟利販賣接踵而來”的嚴重情況，采取一係列嚴厲措施加以禁止。嘉慶十五年三月，為嚴斷鴉片流入京城，除令崇文門稅務機構於所屬口岸稽察外，他又令“步軍統領五城禦史於各門禁嚴密訪查，一有緝獲，即當按律懲治，並將其煙物毀棄”。為社弊清源，他命閩、粵督撫“關差查禁”，“毋得視為具文，任其偷漏”。