在華基督教最大的“原罪”就是它是跟在堅船利炮後麵，侵入中國的城市和鄉村的。
在中國人看來，基督教是侵略者的宗教，本身就是侵略的標誌。這樣的宗教，怎麽能讓中國人心平氣和地對待呢？
更何況，晚清時期的中國剛剛經曆了從天朝上國、泱泱中華到割地賠款、任人宰割的巨大變化。原來引以為豪的國家和文化，被蕞爾小國和野蠻文化打敗。眼看著祖國滑向被人殖民的黑暗深淵，沒有人能承受如此劇烈的心理落差。中國人迫切需要發泄苦悶與憤慨，最先深入中國社會的基督教勢力首當其衝，“不幸”成為目標。一座座教堂在中國出現，無數仁人誌士扼腕歎息，視為奇恥大辱。
早期來華西方人的優越感和粗暴跋扈無疑激化了中外矛盾。1861年，法國天主教貴州區主教胡縛理在貴陽街頭乘坐紫呢大轎，帶人遊行“慶祝”《天津條約》簽訂，引起中國官民義憤，被群毆致死。之前，列強逼迫清政府賦予在華外國人“治外法權”。在華外國機構和洋人的特權過多過濫。一旦發生中外糾紛，外國人就倚仗特權逃脫中國法律追究，反過來壓迫中國官府嚴厲懲處中方事主。更嚴重的是，一些外交官不問是非黑白，一味包庇不說，還習慣於將單純的宗教問題、民間糾紛上升為政治問題。他們動輒就威脅清朝官員要“派兵來華保護”“自行緝凶”，強迫中方妥協。
基督教來華後並沒有融入中國社會，相反，中西思想觀念的差異造成了中國百姓和教會組織的嚴重對立。中國人普遍無法理解陌生的西方信仰和建立在信仰之上的一係列言行，進而排斥甚至仇視。比如，神父對嬰兒的洗禮，在中國人看來就不人道；男女雜處和沉默的苦修也不為人理解；至於人體器官標本更是讓篤信“身體發膚，受之父母”的中國人感到震驚。而教會不斷吸收教民，破壞了由鄉紳主導的傳統社會結構，威脅到了各個社會階層的穩定和利益。不少地方上的無賴地痞混入教會，挾洋人威風欺負同胞，遭人鄙棄，被蔑稱為“吃教者”。凡此種種，莫不給中國人的民族情緒火上澆油。