占領昆明和雲南大部分地區以後，清廷和前線統軍大帥多尼在順治十六年五六月間反複研究，是否出兵緬甸，捉回永曆帝朱由榔。由於路途艱險，雲南地方破壞很大，籌集糧草非常困難，滿洲兵將又不適應當地氣候，寧南靖寇大將軍洛托、安遠靖寇大將軍多尼等都不願擔此重任，希望早日班師，回京休息。因此，清廷兵部會商的意見是，由多尼留鎮省會昆明，讓平西王吳三桂為統帥，以漢軍和綠營兵為主，會同卓羅帶領的少數滿洲兵，一道進軍緬甸。
6月2日經清廷批準，命經略洪承疇部署具體進軍事宜。
洪承疇接到朝廷諭旨後，深感困惑。他上疏報告糧餉、兵力不敷，雲南地方“**至極，兵火殘黎，朝不保夕。糧米騰貴，買備無出，軍民饑斃載道，慘難見聞”。何況，李定國等“逃竄猛猛、孟定等處”，“而各路土司、偽營殘兵各私受李定國偽劄、偽印，歃血立盟，伺隙起釁，已屢見告。茲若一聞大兵西追，勢必共思狂逞，避實突虛，以複竄內地。彼時追剿大兵相隔已遠，不能回顧，而雲南大兵又以駐紮省城，未能遠追，倘致巨逆竄逸，所關匪小”。
因此，他建議本年內不出兵緬甸，待明年（順治十七年）秋收以後8、9月間進兵。至於兵將的安排，洪承疇建議隻留部分精銳滿兵由卓羅統領駐紮省城，吳三桂的軍隊則分駐於滇西保山、順寧、雲州、景棟各要害處所，做好穩定雲南地方的工作。這就是他針對當時雲南情況製定的基本方針：“須先有內安之計，乃可為外剿之圖。”
清政府為了彌補自己在兵力、物力、財力上的不足，故企圖通過緬甸當局和雲南邊境土司之手不戰而勝。
1659年9月，洪承疇奉清朝“皇帝特諭”，致書緬甸軍民宣慰使司和蠻莫宣撫司，要他們主動交出朱由榔、沐天波和李定國。