自太平洋戰爭爆發的時間算起，日本派出的長穀部言人和高井冬二等日本“學者”，在軍方的密切配合下，雖絞盡了腦汁，費盡無數心力，但“北京人”化石依然下落不明。到了1942年下半年，躊躇滿誌的長穀部言人才感到失望，在極度的沮喪和懊惱中，他不得不從北平返回東京，並上書日本文部省，將自己在北平搜尋“北京人”化石的經過做了匯報。其中報告主頁如下：
文部省：
存放於協和醫學院密室中的“北京人”化石頭骨已被轉移，目前隻存有石器時代的工具和一些科學價值不大的動物骨骼化石標本。經初步調查，是美國人轉移了“北京人”化石，因為他們已預料到日本皇軍將占領北京協和醫學院。如果我們的調查和估計無誤，“北京人”化石應該還在中國的某一個地方匿藏著。目前，我們正在加緊搜查之中，隻要尚有一線希望，我們絕不放棄最後努力！同時，我們請求天皇命令華北駐屯軍繼續負責搜查“北京人”。
長穀部言人 呈上
昭和十七年十月十四日
詳細經過與分析圖表見附件。
日本文部省接到這份報告後，頓覺事關重大，當即便將此報告速送日本裕仁天皇閱示。
按照美國作家戴維·貝爾加米尼所著《日本天皇的陰謀》（Japan’s Imperial Conspiracy）中的說法，裕仁天皇是“一個令人恐懼的戰爭首領。他不知疲倦，有奉獻精神，細心、精明而有耐性。他繼承了祖父未竟的事業，要將白人趕出亞洲”，但也有人說他是“一個文化生物家”，把對帝國的管理職責留給大臣和海軍司令，而將全部精力貢獻給蘑菇和小蟲子似的海洋生物。不管外界對裕仁天皇做何評價，至少有一點是可以肯定的，那就是他對古物，尤其是對中國的古董字畫和各種文物總是格外欣賞，厚愛有加。因此，當他看完文部省送來的關於“北京人”化石的報告後，做了如下批示：