1987年2月28日，三級考古隊的全部人員進駐法門寺，開始了具有曆史性意義的偉大行動。
原來的寶塔地基已被地下水破壞，建造新塔必須重打地基，而在此之前的首要工作是清理原塔基上的地麵廢墟。
因為是考古清理，就非同一般意義上的建築工程，所有的磚石瓦礫、黃塵泥土，都要小心翼翼地搬運、裝卸、清理，細小的土塊全部弄碎，然後再用鐵絲編成的篩子篩一遍，生怕有什麽寶物隱藏其間——這就是考古。
考古人員在清理現場查看
自然，像這樣一個場麵的考古，僅憑幾個專家是很難完成的。所以，寶塔村的大部分青年農民都參加了這浩大的行動。人心所向，眾望所歸，不到四天的時間，小山一樣的幾百方廢土全部過篩、清理、拉運出來，而其中的數十萬塊明磚和瓦礫等廢棄物被清除完畢。這次清理，又有一大批珍貴文物出土，其中碑刻就有介紹金代法門寺僧人法爽的《金燭和尚焚身感應之碑》和記載法門寺在金代收集整理佛藏的《金代藏經碑》等。
就在這次大規模清理的過程中，韓金科同有關部門的領導人一起，將法門寺周圍村莊裏的老人們聚集起來，先後召開了七次座談會，會議討論的內容主要是法門寺的地下是否真的有寶藏存在？民國年間朱子橋將軍等人到底發現或看到了什麽？
在法門寺不遠處的大北巷村有一個老秀才叫楊自利，從小便和法門寺眾僧接觸較多，因而對法門寺的興衰及軼聞趣事也較清楚。可惜老秀才已去世多年，人們無法從他口中得知詳情了。韓金科等人隻好把老秀才的兒子楊弘儒找來參加座談會。在這次座談會上，楊弘儒向韓金科講道：“聽我父親說，他在世時經常到法門寺找僧人聊天，得知過去寺院內有許多許多的石碑，外地人經常來寺院拓碑帖。按照寺院風俗，凡是有來拓碑帖的，寺院都要管飯招待，拓碑帖的人越來越多，寺院經濟很難承擔起招待任務，加之又逢亂世，寺院僧人一商量，便偷偷在院內挖了一個大坑，將大批石碑運來埋掉了。自此，寺院內就少有石碑了。由於法門寺有四平方公裏之大，這些石碑埋在什麽地方，連後來的僧人也不知曉了。”