唐中和三年（883年），曾經一度攻占長安並建立政權的黃巢農民軍，在各路軍閥的打擊下，被迫撤離。臨行前，一把火將長安城的宮殿、省寺、居第幾乎燒了個精光。光啟元年（885年）十二月，割據的軍閥王重榮聯合李克用打擊宦官田令孜。田令孜先退守長安，繼而又劫持僖宗出幸鳳翔，走前再次焚燒坊市、宮城。至昭宗朝，長安更成為各路軍閥拉鋸式征伐的戰場。先後有鳳翔軍、岐軍相互焚燒，致使“宮室廛閭鞠為灰燼”，再是宦官韓全誨勾結神策軍李繼筠“挾天子以令諸侯”，第四次火燒長安城。天祐元年（904年），朱溫勾結宰相崔胤脅迫昭宗遷都洛陽，同時令長安居人按籍遷居，行前“殿長安宮室百司民間廬舍，取其材，浮渭沿河而下”，“長安城自此遂丘墟矣”。朱溫毀城既是最後一次，也是毀滅性的一次，因長安的佛寺與宮室、民居錯落而成，宮室、民居被毀，佛寺怎能獨免？當前幾次的戰火過後，雖有修複，但無疑是宮室、民居先就，佛寺的修葺自是列在其次的地位。朱溫毀城不久，即有留守官匡國節度使韓建改建長安城之舉。這次改建，去掉了原來的宮城及外郭城，僅修建了子城（即皇城），其麵積也僅為原城的十六分之一。這時的長安，即使還有佛寺殘存，也應是殘垣斷壁、荒草萋萋了。
正當這戰火連綿、舉國慌亂、人民流徙之日，法門寺不僅未遭毀壞，反而大興土木，擴大規模。算其功德，全在李茂貞一人身上。
李茂貞，深州博野（今河北）人，本姓宋，名文通，原為李克用部將，鎮壓黃巢起義後附唐，以功自隊長升為軍校。光啟元年（885年），藩將朱玫反，唐僖宗被迫逃至興元（今陝西南鄭），宋文通又因護駕有功，由扈蹕都頭拜武定軍節度使、檢校尚書左仆射、洋州刺史等，並被唐僖宗李儇賜姓名李茂貞。扈蹕東歸，途中再受命攻殺叛將李昌符，又以功拜檢校司空、同平章事，兼鳳翔尹、鳳翔隴右節度使。成為節度使的李茂貞，詭詐狡猾，能軟善硬，恃強淩弱，放任官兵迫害百姓，致使軍無紀律，官無德行。如此一幫弱肉強食的烏合之眾，之所以能夠以鳳翔為大本營，以寶雞地區為中心，橫行西部37年之久，就在於李茂貞本人是個善變投機的老手。