就在李濟率考古隊於1929年10月7日再次來到安陽殷墟開始第三次發掘，考古人員躊躇滿誌，熱情高漲，渴望一舉揭開商王朝的隱秘之時，卻發生了一個意外事件，導致發掘工作不得不暫時停止。
1931年春，第三次殷墟發掘時，史語所“四巨頭”在發掘工地留影。
左起：董作賓、李濟、傅斯年、梁思永（李光謨提供）
事件的大致起因是，中央研究院曆史語言研究所在殷墟發掘之初，曾與河南省政府商定，所獲甲骨器物暫存安陽中學。但考古隊為研究方便，於第二次發掘之後，將部分甲骨和器物從安陽中學取出運回了北京。這個消息很快被安陽中學校長報告給河南民族博物院院長何日章，深受舊的挖寶傳統思想影響的何日章聽罷大怒，立即將此事呈報給河南省督軍韓複榘，並添油加醋地說了一番不利於李濟等考古人員的壞話。韓複榘本是個粗人，一聽說河南地盤的寶貝被北京方麵的來人拿走了，當場下令：“河南是咱們的地盤，要挖寶，不用他們，咱自己來。”有了韓督軍的指令，何日章如同拿到了尚方寶劍，很快率領一幹人馬殺奔安陽小屯開始挖掘起來，同時勒令李濟等外省人“立即收攤回京，不準在此隨便盜搶寶物”。如此一來，堂堂的中央研究院考古人員成了盜寶者，而河南省博物館的一幹人馬卻成了捍衛真理的衛士。衝突自然是不可避免了。雙方劍拔弩張，各不相讓，在僵持不下之時，爭執雙方各給自己的上司拍發電報，尋找支持。李濟宣布發掘暫停，考古人員就地待命，自己與董作賓匆匆趕回北京，將發生的具體情況向傅斯年做了匯報。
鑒於已造成的矛盾與衝突，傅斯年不得不全力斡旋，力爭協調中央政府和地方政府的關係。最後由中央研究院院長蔡元培出麵呈請國民政府，打電報給河南省政府，請其繼續保護和配合中央研究院的發掘工作，並讓何日章無條件地停止挖掘，以免造成破壞。經過反複協商，雙方終於達成了幾條協議，大致內容是中央研究院在發掘的同時，應注意維護地方政府的利益，所獲古物雙方共同擁有等，一場衝突遂告平息。