夏商周斷代工程成果學術報告會結束後，“工程”辦公室對有關會議的發言資料做了全麵的收集和整理，除大會和分組討論會上七十餘名學者的發言外，還收集、整理了學者們於會後提交的近四十份書麵意見。
1999年10月18日，“工程”召開了專家組組長會議，對收集到的意見做了歸類和討論，並提出了相應的處理方案。如對一些考古問題、商後期日月食的推算問題、金文曆譜的排序問題，專家組認為，應盡可能參考並吸取正確內容以改進“工程”成果。對涉及不同學科存在的學術觀點分歧，有的難以在短時間內形成統一的意見。如關於夏文化的分歧，對鄭州商城、偃師商城等遺址曆史名稱的分歧，以及西周金文月相的分歧等。這些方麵應采取兼聽的態度，盡可能了解各方麵的看法，但在報告中隻能根據“工程”的研究成果采取一種意見。而對少數專家所提出的對“工程”采取的途徑路線和方法等不夠理解的意見，可以認為是這些專家未親自參加“工程”，加之相關部門對“工程”宣傳及說明做得不夠到位造成的。同時《簡稿》限於篇幅，隻能以結論為主，對其他不可能做詳細的說明，修訂後的《簡稿》應在這方麵盡可能地加以改進。
就以上歸納和研究的方案，“工程”首席科學家采取了如下具體的改進措施：1.進一步加強常規14C和甲骨測年工作，具體落實所補充的測試內容，並根據進展情況做進一步研究。2.對西周王年所依據的七個支點的論證，進一步組織討論，研究主要分歧。3.進一步加強對若幹考古遺址的發掘和研究。4.在認真梳理、研究“報告會”中學者們的意見的同時，組織更強大的班子，對《簡稿》進行全麵修改，以達到盡可能完善的目標。
鄧楠在觀看夏商周斷代工程成果展覽（作者攝）