同時，拿破侖完成了他從拉施塔特會議便開始謀劃的事業，並進一步推行《臣屬法案》的條款。這項工作完成了對神聖羅馬帝國殘餘部分最後的肢解，以及在新查理曼的統治下對大部分德意誌領土進行重建，讓這位統治者成為名副其實的西部皇帝。為了達成最終的目標，拿破侖早在烏爾姆-奧斯特裏茨大戰前夕就已經開始準備。1805年秋季開始時，拿破侖和各個附庸國、巴伐利亞、巴登、符騰堡簽訂了一係列條約，這些國家同意派出數量可觀的軍隊為法國而戰。隨後這支軍隊開始行進，按照軍隊統帥的說法，這次出兵的目的是“確保德意誌帝國的獨立”。神聖羅馬帝國的官方機構雷根斯堡帝國議會不得不接受了這個說法，並且按照拿破侖預想的那樣聲明保持中立。根據南德意誌報紙的報道，軍隊行進順利，獲得了“熱烈的歡迎”。對於帝國議會，拿破侖非常蔑視，稱它“比一間可憐的猴屋強不了多少”。但是帝國議會差不多一直在運行。“在雷根斯堡將不會有其他的議會”，拿破侖在1806年5月寫給塔列朗的信中稱，“因為雷根斯堡將會屬於法蘭西帝國”。《普雷斯堡和約》明確規定每個占據統治地位的諸侯國君主將享有“對其領土完全和不可分割的統治權”。這種安排“切斷了三個王朝對神聖羅馬帝國皇帝最後的依賴”。剩下的事情就是打造新的機構來約束這些諸侯國。在整個1806年夏天，拿破侖一直忙於這方麵的工作。7月17日，《萊茵聯邦條約》在巴黎簽署。巴伐利亞和符騰堡國王、達爾貝格的查理、雷根斯堡的大主教和神聖羅馬帝國的大法官、巴登選帝侯、貝格公爵、黑森-達姆施塔特的領主以及其他九個小諸侯國，明確表示退出德意誌帝國，並接受拿破侖的保護。他們還向拿破侖保證提供6.3萬人的軍隊作為支持。通過這種方式，擁有800萬人口的廣大地區變成了法蘭西帝國的組成部分，拿破侖的軍事力量大大增強。萊茵聯邦軍隊由法國軍官指揮，前線防禦工事由法國工程師來構築，外交政策聽命於法國。在上述王國和諸侯國中，六個國王組成了國王議院，九名諸侯組成諸侯議院，兩個議院共同組成萊茵聯邦議會。