新任騎士團大團長阿爾布雷希特肩負著兩個使命：拯救條頓騎士團和從波蘭的虎口中拯救東普魯士。最後，他成功地拯救了東普魯士，卻沒能拯救條頓騎士團，並且整個過程極富戲劇性。
阿爾布雷希特的私人利益讓他想要極力擺脫波蘭宗主國的管轄。教皇建議他會見一下宗教改革家路德，接觸一下路德教教眾，並設法改組萎靡不振的騎士團。雖然阿爾布雷希特沒能從波蘭國王那裏贏得獨立地位，但是他見到了路德並采納了路德的建議：自己先娶一個妻子，然後把整個騎士團世俗化，最後在騎士團的土地上推行路德教並將之轉變成世俗的諸侯國。1525年，他迎娶了丹麥國王的女兒，隨後波蘭國王將世俗化的東普魯士公國授予他。
這塊土地確實變成了霍亨索倫家族的新領地，而公爵在勃蘭登堡選侯國的親戚們很快便看到了爭奪這塊土地的機會。1569年，在阿爾布雷希特公爵死後，約阿希姆二世選帝侯趁阿爾布雷希特·腓特烈公爵年幼勢弱，成功地為自己和自己的繼承人攫取了“領地共享”權利。為了達到雙重保險的目的，約阿希姆二世選帝侯的孫子約阿希姆·腓特烈選帝侯先迎娶了公爵的一個姐姐，然後他的兒子，同時也是未來的選帝侯約翰·西吉斯蒙德迎娶了公爵的一個妹妹——不過，公爵很快便由愚鈍變成為精神錯亂。1605年，約阿希姆·腓特烈選帝侯成為攝政，在和波蘭做了很多交易之後，約翰·西吉斯蒙德選帝侯最終於1618年得到了以波蘭為宗主國的東普魯士公國。
頃刻之間，之前的《格拉協議》開始具備了可操作性，東普魯士和勃蘭登堡選侯國合並了，幾乎沒有什麽力量可以將之分開。不過，普魯士這邊的人並不歡迎此次合並。新選帝侯暨公爵是一位加爾文教徒，對路德教和羅馬天主教懷有敵意。就像15世紀的勃蘭登堡容克一樣，普魯士貴族們並不想擁有一個真正的新主人。雖然通過霍亨索倫家族，普魯士人與公爵以及他精神錯亂的兒子建立了淺薄的私人關係，但是他們與勃蘭登堡選侯國並沒有任何相通之處。在他們看來，那是一個異域的王朝，在宗教、製度以及理念上都和他們有疏離感。選帝侯將會從柏林統治他們，並會把遠在歐洲東北角的他們拖入德意誌政治中心的旋渦。