孫恩之作亂也，加道子黃鉞，以元顯為中軍以討之。又加元顯錄尚書事。道子更為長夜之飲，政無大小，一委元顯。時謂道子為東錄，元顯為西錄，西府車騎填湊，東第門可設雀羅矣。
於是軍旅洊興，國用虛竭，自司徒已下，日廩七升，而元顯聚斂不已，富過帝室。及謝琰為孫恩所害，元顯求領徐州，加侍中、後將軍、開府儀同三司，都督十六州諸軍事。揚、豫、徐、兗、青、幽、冀、並、荊、江、司、雍、梁、益、交、廣。
尋以星變解錄，複加尚書令。桓玄屢上疏求討孫恩，詔輒不許。其後恩逼京都，玄建牙聚眾，外托勤王，實欲觀釁而進。複上疏請討恩。會恩已走，玄又奉詔解嚴。玄以兄偉為江州，鎮夏口。見第三章第九節。司馬刁暢鎮襄陽。遣桓振、石虔子。皇甫敷、馮該戍湓口。自謂三分有二，勢運所歸，屢使人上禎祥，以為己瑞。致箋道子，語多侮嫚。元顯大懼。張法順言：“桓氏世在西藩，人或為用。孫恩為亂，東土塗地，玄必乘此，縱其奸凶。及其始據荊州，人情未輯，宜發兵誅之。”元顯以為然。遣法順至京口，謀於劉牢之。
牢之以玄少有雄名，杖全楚之眾，懼不能製；又慮平玄之後，不為元顯所容；深懷疑貳。法順還，說元顯曰：“觀牢之顏色，必貳於我，未若召入殺之。不爾，敗人大事。”元顯不從。
元興元年，正月，加元顯侍中、驃騎大將軍、開府，征討大都督、督十八州諸軍事，儀同三司，加黃鉞、班劍二十人，以伐桓玄。以牢之為前鋒，譙王尚之為後部。
法順又言於元顯曰：“自舉大事，未有威斷，桓謙兄弟，每為上流耳目，宜斬之以孤荊州之望。謙衝子，時為元顯諮議參軍。且事之濟不，係在前軍，而牢之反覆；萬一有變，則禍敗立至；可令牢之殺謙兄弟，以示不貳；若不受命，當為其所。”元顯曰：“非牢之無以當桓玄。且始事而誅大將，人情必動。”法順言之再三，元顯不可，而以謙為荊州刺史，以安荊楚。